極巨化異變與伽勒爾之行
由於伽勒爾地區各地發生了原本只應在特定地點出現的極巨化暴走現象，櫻木所長委託小智與小豪前往伽勒爾地區，拜訪極巨化研究專家木蘭博士以解開謎團。與此同時，馬洛科蒙集團的洛茲會長與秘書奧利薇正秘密進行伽勒爾粒子的能量實驗，試圖讓核心吸收能量，卻因能量突破負荷導致外溢，這股紅色的能量正是引發各地寶可夢異常巨型化且暴走的元兇。
迷霧中的微寐森林與神祕寶可夢
小智與小豪抵達伽勒爾後搭乘列車前往木杆鎮，不料列車因濃霧而暫時停車。小豪在霧中發現了掘掘兔，為了收服它，兩人追進了神祕的「微寐森林」。在森林深處，濃霧遮蔽了視線導致兩人失散。小智遇見了如幻影般的神祕寶可夢（蒼響），而小豪則遇到了另一隻（藏瑪然特）。皮卡丘與騰蹴小將發動攻擊，但招式卻直接穿透了對方的身體。兩人最終在濃霧中失去意識，醒來後神祕寶可夢已消失不蹤。
焚焰蚣暴走與冠軍丹帝登場
兩人離開森林後，在小鎮目睹了一隻焚焰蚣因接觸到空中落下的紅色能量（能量點以外的極巨化現象）而發生「超極巨化」並開始暴走。小智為了阻止破壞，派出皮卡丘、利歐路與快龍試圖壓制，但面對體積龐大的對手陷入苦戰。此時，伽勒爾冠軍丹帝帶著噴火龍現身，以壓倒性的實力擊敗焚焰蚣，解除了危機。丹帝隨後向群眾說明，目前各地都在發生類似的暴走事件，他必須立刻前往支援。
分頭行動：英雄傳說與阻止暴走
為了儘快平息混亂，小智決定跟隨丹帝一同行動，協助阻止各地的寶可夢暴走。而小豪在尋找小智的途中遇見了索妮亞，她正在調查與「闇夜」相關的英雄傳說。索妮亞認為現在發生的災厄與古代傳說息息相關，因此小豪決定與她搭檔，驅車前往草路鎮的遺跡尋找線索。小智與小豪透過手機聯絡，約定各自努力後再會合，兩位少年就此在伽勒爾地區展開了守護未來的兩線冒險。