前往阿羅拉地區的契機
故事開始於櫻木研究所，小豪在來電汪的幫助下獲得了葉之石，並讓他的蛋蛋進化成了椰蛋樹。小智見狀後向小豪提到了在阿羅拉地區的椰蛋樹擁有完全不同的姿態，這引起了小豪濃厚的興趣。櫻木博士隨後提議兩人前往阿羅拉地區進行調查與收服，於是小智與小豪帶著皮卡丘、騰蹴小將與淚眼蜥出發前往位於熱帶的阿羅拉地區。
溫馨的家人重逢
抵達阿羅拉地區的美樂美樂島後，小智帶著小豪來到了庫庫伊博士與芭內特博士的家。對於小智來說，兩位博士就像他在阿羅拉的家人一樣。小智不僅見到了博士們的新成員——小寶寶雷伊，還與他寄放在這裡的寶可夢夥伴們：木木梟、鬃岩狼人、熾焰咆哮虎與美錄梅塔熱情重逢。隨後，眾人得知瑪奧等人在寶可夢學校為他們準備了歡迎派對。
小豪的收服挑戰與驚喜會面
在前往學校的途中，小豪展現了強烈的收服欲望，成功收服了拳海參，並在追逐強顎雞母蟲時意外遇見了正在釣魚的水蓮。另一方面，小智則遇到了久違的洛托姆圖鑑。隨後，小智與小豪在寶可夢學校與昔日的同學們——瑪奧、馬瑪內、卡奇會合。大家一邊享用著愛納食堂特製的料理，一邊分享著各自的夢想：瑪奧致力於做出讓所有人都幸福的料理，馬瑪內則夢想成為宇航員。席間，大家還分享了莉莉艾寄來的信件，得知她與哥哥格拉吉歐及母親露莎米奈仍在旅途中努力尋找失蹤的父親莫恩。
友情與意志的對戰：卡奇的考驗
派對進行中，熱血的卡奇突然向小豪發起挑戰。卡奇身為小智的勁敵，想要確認小豪是否有資格陪伴在小智身邊並助力他的夢想。對戰中，卡奇派出了爆焰龜獸對抗小豪的騰蹴小將。卡奇施展了威力驚人的Z招式「超強極限爆焰彈」，而小豪面對強敵並未退縮，他大聲宣告自己並非小智的勁敵，而是研究調查的搭檔與最重要的朋友，他也有自己必須親手抓住的夢想。卡奇感受到了小豪的堅定意志，在關鍵時刻讓阿羅拉嘎啦嘎啦救下了騰蹴小將。這場對戰讓卡奇認可了小豪，並將小智託付給他照顧。
夢想與冒險的延續
在阿羅拉冒險的最後，小豪成功收服了具有地區形態、體型巨大的阿羅拉椰蛋樹，達成了此行的初衷。在夕陽下，小智與小豪與阿羅拉的夥伴們約定下次再見，帶著滿滿的回憶與收穫結束了這次溫馨又熱血的阿羅拉之旅，並期待著下一個地區的冒險。