陷入低潮的小智與排名下降
故事開始於小智為了提升在「寶可夢世界錦標賽」的排名而加緊特訓。然而，在隨後的正式比賽中，小智派出利歐路對戰對手的章魚桶，卻因為過於在意先前的失敗而採取保守的遠程戰術，最終落敗。接連的失利讓小智在下一場對戰毒刺水母時再次失手，陷入了三連敗的泥沼。由於接連戰敗，小智的排名從「超級球級」跌落回「精靈球級」，這讓他深受打擊，甚至對自己的對戰風格產生了懷疑。
豐緣地區紫堇市的神秘沙塵暴
此時，豐緣地區的紫堇市出現了巨大的神秘沙塵暴，且傳出沙塵暴中會傳出奇妙的歌聲吸引行人。櫻木博士派小智與小豪前往調查。儘管小智情緒低落，仍隨小豪來到現場。在沙塵暴中，小豪展現了卓越的收服技巧，先後收服了造成流沙陷阱的大顎蟻，以及發出超音波干擾的超音波幼蟲。隨後，他們遇到了沙塵暴的源頭——強大的神秘寶可夢「沙漠蜻蜓」。
與沙漠蜻蜓的激戰與小豪的創意戰術
小智試圖與沙漠蜻蜓對戰，卻因精神不振而失準，甚至指揮皮卡丘使用對地面屬性無效的電屬性招式。面對沙漠蜻蜓強大的「流星群」攻擊，小智陷入苦戰。此時，小豪決定親自上陣，派出騰蹴小將。小豪回想起小智以前那種「不按牌理出牌」且大膽的作風，決定以此為借鏡，指揮騰蹴小將踩著落下的流星群岩石跳躍至空中，縮短距離後使出華麗的火花攻擊，最終成功削弱沙漠蜻蜓並將其收服。
重拾初衷與邁向阿羅拉地區
目睹了小豪的戰鬥，小智如夢初醒。他意識到自己之前過於糾結於「拉開距離」的防守策略，反而失去了原本熱血且勇往直前的戰鬥本能。小智向皮卡丘與利歐路道歉，並宣告要回到原點重新出發，再次以挑戰丹帝為目標努力。在解開心結後，小智向小豪提議前往阿羅拉地區看特別的椰蛋樹，兩人帶著煥然一新的心情，準備迎接下一段冒險。