小豪的新目標：收服皮卡丘
故事開端，小豪看到小智與皮卡丘默契十足的互動，深受感動，決心也要收服一隻皮卡丘。櫻木所長告知兩人，最近有報告顯示皮卡丘在某處大量出現，建議他們身為調查員前往查探。小豪帶著滿腔熱血，與小智一同前往皮卡丘的棲息地，希望能順利完成收服。
大量出現的真相與雷之石
抵達目的地後，小豪很快發現了一隻性格體貼、喜歡分享樹果的雌性皮卡丘，並成功將其收服。隨後，他們跟隨皮卡丘群來到一處岩壁，發現這群皮卡丘正在挖掘「雷之石」。原來皮卡丘的大量聚集是為了尋找進化石以便集體進化。雖然許多同類渴望進化成雷丘，但小智的皮卡丘展現了堅持自我、想以現有姿態變得更強的決心，拒絕了進化的機會。
火箭隊的襲擊與皮卡丘捕捉計畫
此時，火箭隊帶著特製的防電吸入裝置現身，企圖將現場所有的皮卡丘一網打盡。他們透過扭蛋機派出了卷卷耳與泡沫栗鼠，與小智的小皮卡丘及小豪的騰蹴小將、淚眼蜥展開對戰。大批皮卡丘在混亂中被吸入機器，場面陷入危機。即便小智與小豪拼命抵抗，仍難以應付火箭隊專為皮卡丘設計的嚴密防禦。
夥伴的進化與大反擊
為了救出受困在機器中的同伴，小豪新收服的皮卡丘自願接觸雷之石，進化成了強大的雷丘。進化後的雷丘不僅力量大增，更引導其他受困的皮卡丘與雷丘群聯手發動威力驚人的集體「十萬伏特」。這股強大的電流徹底摧毀了火箭隊的裝置，並將他們擊飛。危機化解後，雖然小豪最初是想收服皮卡丘，但最終獲得了一隻溫柔且可靠的雷丘同伴，距離收服夢幻的夢想又邁進了一步。