神祕的隱形小偷與邂逅
小智與小豪在伽勒爾地區逗留期間，正興致勃勃地品嚐當地特產咖哩飯。在用餐過程中，一隻神祕的寶可夢在隱形狀態下偷吃了他們的早餐。這隻寶可夢在現身後突然大哭，其眼淚中含有的強烈催淚成分讓在場的小智、小豪以及皮卡丘也跟著止不住地流淚。等眾人回過神來，神祕寶可夢已經消失無蹤。兩人隨後前往寶可夢中心，從喬伊小姐與愛管侍口中得知，那隻寶可夢是性格極其膽小的「淚眼蜥」，它的身體一旦接觸到水分就會融入環境中，進而達到隱身的效果。
小豪成功收服淚眼蜥
小豪在噴水池旁再度發現了隱身的淚眼蜥。儘管看不見對方，小豪仍真誠地表達了想與它成為同伴的心意，並保證不會對偷吃早餐的事生氣。隨後，小豪憑藉直覺朝著噴水池投出精靈球，奇跡般地成功收服了淚眼蜥。然而，隨後兩人在野外遇到沙包蛇時，小豪為了測試實力，讓淚眼蜥上場對戰。雖然淚眼蜥最初能靠隱身發動攻擊，但沙包蛇揚起的沙塵沾滿了它的身體，使其無法隱形。受到驚嚇的淚眼蜥再次崩潰大哭，引發了相當於一百顆洋蔥強度的催淚效果，讓所有人陷入混亂，淚眼蜥也趁機逃進河中。
火箭隊的陰謀與眼淚攻勢
小豪對自己強迫膽小的淚眼蜥對戰感到非常自責，認為自己沒有顧慮到夥伴的心情。與此同時，剛來到伽勒爾地區的火箭隊（武藏、小次郎、喵喵）正被一隻貪吃的莫魯貝可搶走食物。他們隨後在河邊發現了落單的淚眼蜥並將其捕捉，企圖以此要挾小智交出皮卡丘。當小智與小豪趕到對峙時，淚眼蜥的淚水再次讓所有人大哭，就連火箭隊也抵擋不住。火箭隊隨即啟動「火箭隊秘密扭蛋機」，召喚出強大的自爆磁怪與太古盔甲發動攻擊。
心意相通的共同戰鬥
在眾人因眼淚而無法戰鬥的關鍵時刻，小豪想起了魔牆人偶處理洋蔥時的應對方法，及時拿出了護目鏡分給小智與寶可夢們。戴上護目鏡後，小智與小豪不再受催淚影響，指揮皮卡丘、利歐路與騰蹴小將發動猛烈反擊，最終以十萬伏特將火箭隊擊飛。戰鬥結束後，小豪在河邊找到了淚眼蜥，並誠心地向它道歉，表示自己從它的膽小中看見了高度戒備與保護同伴的力量。兩人一鼠最終重歸於好，羈絆也變得更加深厚。而在另一頭，莫魯貝可似乎盯上了火箭隊，悄悄地跟在他們身後。