櫻木公園的糧食失蹤事件
在枯葉市的櫻木研究所中，小智與小豪正忙於照顧在櫻木公園生活的寶可夢們。然而，原本和平的公園卻出現了異樣，寶可夢們的飼料突然大量失蹤，導致飢腸轆轆的寶可夢們開始產生摩擦，甚至演變成了群體對立。以飛天螳螂為首的蟲屬性小組與以達摩狒狒為首的一般、毒屬性小組之間劍拔弩張，衝突一觸即發。為了查明真相並阻止事態惡化，小智和小豪決定在公園內徹夜留守，希望能抓住偷走食物的犯人。
混亂爆發與泥偶巨人的失控
就在監視的夜晚，公園內的衝突終於演變成大混戰。隨著各方寶可夢的鬥爭愈演愈烈，原本安靜待在池塘邊的盾甲繭們正處於進化的關鍵時刻，卻差點被捲入戰火。公園的巨大守護者泥偶巨人為了保護盾甲繭並平息騷亂，試圖阻止鬥爭。然而，在騷動中泥偶巨人胸口的封印不慎偏移，導致其體內的強大能量失控，引發了極端的天氣異變與強烈暴風雨。這場異變不僅讓公園陷入危機，更威脅到了對水極其敏感、正準備進化的盾甲繭們。
齊心協力守護進化與真相大白
面對失控的泥偶巨人，小智與小豪指揮皮卡丘、利歐路與騰蹴小將吸引其注意力，並在公園內其他寶可夢的合力幫助下，成功將泥偶巨人的封印歸位，平息了暴走。隨後，為了守護即將進化的盾甲繭，所有寶可夢摒棄前嫌，共同協作搭建起屏障擋住雨水。最終，盾甲繭們順利進化為毒粉蛾，並整群使出大晴天驅散雲層。風波平息後，真相終於大白：原來偷走食物的並非惡意破壞者，而是貪心栗鼠基於囤積習性，將食物全都藏在了一起。這場混亂意外地讓櫻木公園的寶可夢們更加團結，恢復了往日的平靜。