研究蛋的奧秘與初遇蛋蛋
故事開端，小智與小豪在櫻木研究所聽取關於寶可夢蛋的知識。櫻木博士解釋，雖然空木博士對蛋有深入研究，但至今仍沒人親眼見過寶可夢生蛋的瞬間。受到好奇心驅使，小豪決定出發尋找寶可夢蛋。在草叢搜索過程中，小豪意外發現並收服了「蛋寶可夢」蛋蛋，這也讓他對蛋的奧秘更加著迷。
世界錦標賽對戰：皮卡丘對戰肯泰羅
隨後，小智收到了寶可夢世界錦標賽的對戰通知，對手是來自淺紅市的羽柴。雙方展開一對一的精靈球級對戰。羽柴派出了實力強勁、角部充滿傷痕的領袖級肯泰羅，而小智則派出皮卡丘迎戰。面對肯泰羅猛烈的「角撞」與「鐵頭」攻擊，皮卡丘雖然一度陷入苦戰，但最終憑藉靈活的移動，配合「電網」與威力十足的「十萬伏特」反擊成功，讓肯泰羅失去戰鬥能力，小智順利取得勝利。
與神祕之蛋的邂逅
戰鬥結束後，小智隱約感覺到有股聲音在呼喚他。兩人前往寶可夢中心治療皮卡丘時，被一顆神祕的寶可夢蛋所吸引。喬伊小姐解釋這顆蛋來自神奧地區，雖經過多位培育家照顧卻遲遲無法孵化。然而，當小智靠近時，蛋產生了劇烈的反應並散發溫暖。喬伊小姐認為小智與這顆蛋有特殊的緣分，便決定將蛋托付給小智照顧。小智帶著蛋回到研究所，與皮卡丘一同細心守護。
波導的共鳴！利歐路誕生
就在某個夜晚，蛋終於散發出耀眼光芒，孵化成了「波紋寶可夢」利歐路。利歐路一出生就展現出極強的鬥爭本能，甚至對想靠近的皮卡丘使出「真空波」。由於利歐路能透過「波導」感受情緒，牠對周遭充滿戒心，隨後竟獨自跳窗逃出研究所。小智想起在對戰時聽到的聲音正是利歐路的呼喚，於是與小豪分頭尋找這隻好戰的新生寶可夢。
尋找利歐路與正式收服
利歐路在野外四處挑戰強敵，卻在對抗大岩蛇時陷入危機。千鈞一髮之際，小智及時趕到並保護了利歐路。小智理解利歐路想要變強的心願，並指揮牠配合皮卡丘共同作戰。利歐路在小智的引導下使出強力的「真空波」，成功擊退大岩蛇。戰鬥過後，利歐路認可了小智的波導，主動要求被收服。最終，小智正式收服了利歐路，這對擁有宿命共鳴的夥伴，將一同挑戰更高層級的世界錦標賽。