櫻木研究所的定向越野賽
故事發生在枯葉市的櫻木研究所，櫻木博士舉辦了一場「寶可夢定向越野賽」，邀請了許多小朋友參加。小智與小豪作為特別嘉賓，帶領小朋友們前往終點枯葉港。這項活動的目的是讓孩子們透過觀察與接觸，發現生活在城市各處的寶可夢，並以發現寶可夢的數量來進行小組競賽。隊伍分為紅、藍、黃三組，小智、小豪與小春也各自帶領著孩子們展開冒險。
小豪的收服教學與小智的正式對戰
在前往港口的路上，小豪展現了他卓越的收服技巧，先後收服了波波、尼多朗、尼多蘭、走路草、蚊香蝌蚪、臭泥與阿柏蛇等多種寶可夢，並向孩子們介紹每種寶可夢的習性。與此同時，小智收到了「寶可夢世界錦標賽」的對戰申請。他的對手是來自城都地區滿金市的聖哉。雙方進行了一場一對一的決鬥，小智派出皮卡丘對戰聖哉的大竺葵。儘管屬性上處於劣勢，但小智憑藉著精湛的戰術，讓皮卡丘利用鐵尾配合電光一閃，最終擊敗了大竺葵。這場勝利讓小智的世界排名上升到了第1512名，也讓現場的小朋友們對寶可夢對戰產生了憧憬。
火箭隊的陰謀與聯合反擊
當所有隊伍抵達終點枯葉港時，現場突然出現了傳說中的寶可夢「洛奇亞」。正當大家感到驚訝時，才發現這竟然是火箭隊利用氣球偽裝的陷阱。火箭隊趁機搶走了小朋友們辛苦發現的寶可夢，並利用扭蛋機召喚出鋼甲鳥與叉字蝠進行戰鬥。面對危機，小智與小豪展現了絕佳的默契，小智指揮皮卡丘使用鐵尾將騰蹴小將的火花招式「打飛」出去，形成強大的聯合攻擊，成功擊退了火箭隊並救回所有寶可夢。
夢想的啟程
活動最後，黃隊獲得了本次定向越野賽的冠軍。小朋友們紛紛表示想成為像小智一樣強大的訓練家，或是像小豪一樣收服所有寶可夢。在夕陽下，小豪成功收服了先前一直沒抓到的大蔥鴨，為這一天畫下完美的句點。小智與小豪各自堅定了成為「寶可夢大師」與「收服夢幻」的夢想，繼續向著目標前進。