櫻木研究所的鬧鬼騷動
在枯葉市的櫻木研究所中，最近頻繁發生不可思議的靈異現象。原本平靜的研究所變得寒冷刺骨，工作人員菊菜與戀次接連遭到惡作劇攻擊，現場一片狼藉。小智、小豪與皮卡丘決定深入調查，發現這一切的始作俑者正是先前曾出現在研究所的耿鬼。這隻耿鬼不僅四處搗亂，還讓小智陷入了一連串的不幸事件，戀次甚至開玩笑地表示小智可能中了「耿鬼的詛咒」。
耿鬼悲傷的過去
為了擺脫所謂的詛咒，小智試圖透過跑步來鍛鍊體力，卻在街上偶遇了一名男子。透過對話與耿鬼的回憶，揭開了一段令人心碎的往事。原來這名男子就是耿鬼的前任訓練家，他在三年前因為迷信耿鬼會帶來厄運，將耿鬼遺棄在如今成為研究所的這棟廢棄建築前，並謊稱「在這裡等我，絕對不可以離開」。單純的耿鬼就這樣在原地苦苦等待了三年，直到發現自己被徹底背叛。得知真相的耿鬼陷入極大的憤怒與悲傷中，開始暴走。
火箭隊的介入與小智的信任
就在耿鬼內心崩潰之際，火箭隊三人組突然現身，企圖利用耿鬼對人類的不信任來拉攏牠成為邪惡夥伴。雖然耿鬼拒絕合作，但火箭隊利用「火箭隊秘密扭蛋機」召喚出兩隻仿徨夜靈進行圍攻。危急時刻，儘管小智因發燒體力不支，仍挺身而出保護耿鬼。小智坦言，無論過去的訓練家說了什麼，現在的他非常需要耿鬼的力量。這份真誠的信任觸動了耿鬼，牠決定與小智並肩作戰。
戰鬥結束與新的夥伴
在戰鬥中，小智展現了卓越的指揮能力，引導耿鬼利用靈活的身法與強大的「黑夜魔影」與「暗影球」反擊。雖然是一次臨時的合作，但兩人的默契十足，成功擊敗了火箭隊的仿徨夜靈。戰鬥結束後，小智因高燒體力不支倒下，耿鬼則貼心地為小智採摘蘋果並守護在他身邊。當小智醒來後，耿鬼主動交出精靈球，表達了想成為夥伴的願望。小智正式收服了耿鬼，這場鬧鬼騷動也轉化為一段新的友誼起點。