前往合眾地區的沙漠地帶
小智與小豪為了探索傳說中的「巨神之遺跡」，來到了合眾地區最炎熱的「沙漠地帶度假地」。兩人對於遺跡中隱藏的巨大謎題充滿期待。由於沙漠環境惡劣且廣闊，小智派出快龍載著兩人前行，而小豪則派出大針蜂跟隨。在發掘調查團團長的勇士雄鷹引導下，他們體驗了一場刺激的沙漠飛行，順利抵達了神祕的遺跡入口。
深入遺跡與新夥伴的相遇
進入遺跡後，環境充滿了危險的陷阱，小豪在探索過程中展現了過人的收服技巧，接連收服了達摩狒狒與黑眼鱷。在充滿機關的內部，兩人偶遇了同樣前來挑戰古代謎題的探險少女綺拉及其搭檔瑪沙那。隨後，他們更從死神棺的體內救出了異色寶可夢蒐集者卡拉巴利及其異色可達鴨。這群冒險者決定暫時組隊，共同破解遺跡最深處的祕密。
破解機關與巨神現身
在綺拉的協助下，眾人小心翼翼地避開陷阱，來到了一個巨大的圓盤大廳。小豪觀察到周圍牆壁上有五塊帶有特殊花紋的磚塊，與地面上的圓環相對應。當眾人合力按下機關後，遺跡發生劇烈震動，傳說中的巨神——一隻體型遠超一般個體、身高超過五米的「泥偶巨人」緩緩現身。這隻泥偶巨人作為古代都市的保衛中樞，隨即對入侵者發動了猛烈的攻擊。
激烈的團體戰與最終收服
面對實力強悍的巨大泥偶巨人，小智提議眾人進行「團體戰」。皮卡丘、快龍、瑪沙那、可達鴨及燈火幽靈等寶可夢展開圍攻。泥偶巨人甚至變形成為巨砲形態，使出威力強大的攻擊。在一番苦戰後，小智命令快龍使用暴風，配合小豪達摩狒狒的過熱發動總攻擊。受到重創的泥偶巨人終於露出疲態，小豪抓準時機投出精靈球，成功將這尊巨大的古神收服。
古代都市的揭曉與歸途
隨著泥偶巨人被收服，隱藏在遺跡下方的機關完全啟動，一座宏偉的古代都市遺址展現在眾人眼前，這正是巨神守護了數千年的真相。冒險結束後，眾人帶著滿滿的回憶告別。回到枯葉市的櫻木公園，巨大的泥偶巨人如同守護神般守護著公園內的寶可夢，為這場合眾地區的精彩冒險劃下了完美的句點。