小春與來電汪的日常與煩惱
故事從櫻木博士的女兒小春的日常生活開始。這天清晨，小春依舊難以起床，在弟弟諷太與母親吉利雅的催促下才勉強起身。雖然小春對家中的寶可夢來電汪表現得比較冷淡，但來電汪卻異常地親近她，甚至只吃小春親手餵的食物，在牠心中，小春是全家最重要的人。在餐桌上，家人們談論著這種奇妙的牽絆，小春卻顯得有些心不在焉。
研究所的進化驚喜與神祕黑影
在櫻木研究所，小智與小豪正觀察著收服的寶可夢。小豪先前收服的三隻刺尾蟲同時迎來了進化，他本期待能分別進化成甲殼繭與盾甲繭，沒想到三隻最後全部進化成了盾甲繭，讓小豪感到有些無奈。與此同時，研究所內發生了怪異現象，氣溫驟降且電力中斷，助手戀次在檢查配電盤時遭到神祕黑影襲擊。這道黑影隨後現身，正是能在異次元穿梭、吸取熱量的影子寶可夢——耿鬼。
小春的學校生活與對未來的迷惘
在學校裡，老師要求同學們發表未來的夢想。由於小春是櫻木博士的女兒，同學們理所當然地認為她將來也會成為寶可夢博士，並追問她是否很喜歡寶可夢或擅長對戰。這讓還沒決定夢想、甚至從未進行過對戰的小春感到沉重的壓力與不適。隨後，母親吉利雅來到學校為小春送便當，母女倆坐在長椅上談心。吉利雅分享了自己高中時曾想當漫畫家卻失敗，後來受到櫻木博士的鼓勵才成為插畫師的往事，並告訴小春不需要急著決定未來，等到對的時機再由自己做出選擇即可。
耿鬼襲擊與來電汪的守護
小智與小豪在研究所內與實力強大的耿鬼展開對峙，試圖收服牠卻屢屢失敗。正當耿鬼隱藏蹤影逃竄時，剛放學的小春踏入研究所玄關。耿鬼突然現身襲擊小春，來電汪為了保護最心愛的小春挺身而出。櫻木博士看出即使來電汪平時聽從他的指示，但在這種關鍵時刻，只有小春的指令才能發揮牠真正的力量。在小智的鼓勵下，小春第一次發出戰鬥指令，命令來電汪使用「發勁」成功擊退耿鬼。
事件落幕與新的羈絆
戰鬥結束後，耿鬼暫時消失蹤影，小智與小豪被耿鬼強大的實力激起了鬥志，誓言下次見面一定要將其收服。小春則透過這次事件，加深了與來電汪之間的牽絆，雖然她對未來的方向仍不明確，但對於寶可夢的態度似乎稍微有了轉變。故事最後，小智與小豪準備前往伽勒爾地區，觀看世界錦標賽中阿渡與丹帝的最強巔峰對決。