神奧地區的來客
小智與小豪在枯葉市港口附近捕捉寶可夢時，意外發現一隻從海中游來、精疲力竭的波加曼。在櫻木研究所內，他們與這隻波加曼的主人——來自神奧地區切鋒市的美咲取得了聯繫。美咲透露，這隻波加曼平時與她形影不離，但自從她收留了另一隻愛撒嬌的不良蛙後，波加曼因為好勝心強且想引起主人關注，竟決定獨自橫跨大海進行特訓。為了將波加曼安全送回家，小智與小豪決定動身前往神奧地區。
流冰競賽的激鬥
抵達切鋒市後，小智一行人得知當地即將舉辦傳統的「寶可夢流冰競賽」。波加曼為了向美咲證明自己的實力比不良蛙更強，毅然報名參賽；而這兩隻寶可夢在賽前便火藥味十足。小豪也在當地收服了小球飛魚並加入比賽。競賽開始後，波加曼與不良蛙展開激烈對決，與去年的亞軍帝王拿波互不相讓。然而，不擅長游泳的皮卡丘在比賽中陷入困境，幸得小豪的小球飛魚熱心協助，背著牠一同前進。
火箭隊的破壞與重拾友誼
正當比賽進入白熱化階段時，火箭隊突然現身，企圖捕捉所有參賽的寶可夢。他們利用「火箭隊祕密扭蛋機」召喚出強力的怪力與凍原熊，造成現場一片混亂，甚至導致美咲的船隻翻覆。面對主人的危機，原本互為死對頭的波加曼與不良蛙立刻停止爭鬥，發揮默契合力救出美咲。在小智與小豪的配合下，眾人成功擊退了火箭隊。雖然競賽最終因事故而中止，但波加曼與不良蛙也因此理解了彼此守護主人的心意，化敵為友，為這場神奧之旅畫下溫馨的句點。