皮丘與袋獸的溫情邂逅
故事發生在很久以前的關都地區森林。一隻年幼且孤獨的皮丘在森林中艱難地獨自生活，直到牠遇到了一群袋獸。善良的袋獸媽媽將皮丘收留在自己的育兒袋中，像親生孩子一樣與小袋獸一起撫養牠長大。隨著時間推移，皮丘與袋獸家族建立了深厚的情感，但在資源匱乏的季節，皮丘意識到自己日益增長的體型已成為袋獸媽媽沉重的負擔。為了不再給對方增添麻煩，皮丘在一個夜晚默默離開了溫暖的袋子。在離別的感激與成長的願望下，皮丘進化成了皮卡丘，獨自踏上了新的旅程。
大木博士的寶可夢夏令營
與此同時，住在真新鎮的小智原本興奮地報名參加大木博士舉辦的「寶可夢夏令營」，卻因為在出發當天睡過頭而錯失機會。在這次夏令營中，來自枯葉市的小豪與青梅竹馬小春首次亮相。小豪從小就展現出對寶可夢極高的研究天賦與豐富知識，並在營隊中向大家介紹了各種寶可夢。在森林探險途中，小豪與小春意外目擊了幻之寶可夢「夢幻」。夢幻在兩人面前展現出能變身成尼多王、鴨嘴火獸、拉普拉斯等多種寶可夢的奇異能力，這場震撼的邂逅在小豪心中種下了遠大的目標——他決定第一隻收服的寶可夢，一定要是夢幻。
冒險的開端：命運的交會
幾年後，年滿十歲的小智終於迎來了成為寶可夢訓練家的日子。遺憾的是，他再次因為睡過頭而無法選取妙蛙種子、小火龍或傑尼龜。大木博士無奈之下，將一隻個性害羞、難以相處且具有強烈放電本能的皮卡丘交給了小智。雖然一開始皮卡丘對小智充滿戒心，甚至不斷電擊他，但這對夥伴未來的傳奇冒險已在此刻悄然啟動。與此同時，在枯葉市的小豪依然堅持著自己的研究，兩人各自朝著目標前進，直到下一次在枯葉港的洛奇亞事件中相遇。