瑪機雅娜的覺醒與莉莉艾的抉擇
在寶可夢學校的長期假期前夕，莉莉艾向小智等好友展示了覺醒後的幻之寶可夢「瑪機雅娜」。瑪機雅娜發出的光束指向了遠方，這道光被認為是指向莉莉艾失蹤已久的父親——莫恩。為了尋找父親，莉莉艾、格拉吉歐與露莎米奈決定離開阿羅拉地區，踏上尋親之旅。雖然朋友們感到寂寞，但仍全心全意地為莉莉艾加油，支持她的決定。
火箭隊的撤退與溫馨的告別
與此同時，火箭隊收到了坂木老大的命令，要求他們返回關都總部。儘管不捨，小次郎考慮到寶可夢們的幸福，決定不帶走在阿羅拉收服的夥伴。他將好壞星與謎擬Ｑ留在穿著熊與童偶熊的家，並委託牠們擔任火箭隊阿羅拉支部的負責人。在感人的告別聲中，穿著熊最後一次展現驚人的力量，將火箭隊一行人直接送往關都的方向。
小智的決定與最後的冒險
小智在夕陽下與皮卡丘漫步時，意外遇到了索爾迦雷歐。在索爾迦雷歐的帶領下，小智、皮卡丘與洛托姆圖鑑前往究極之洞進行了一場秘密的冒險，並成功救援了受困的究極異獸。回到學校後，小智向大家宣布了他的決定：他將回到真新鎮，歸零之後再前往新的世界旅行，朝著成為「寶可夢大師」的夢想繼續前進。而洛托姆圖鑑則被以太樂園延攬，決定留在阿羅拉協助完成宇宙第一的寶可夢圖鑑。
碼頭與機場的離別時刻
離別當天，眾人在港口送別莉莉艾。在輪船啟航之際，莉莉艾跑到甲板上對小智大聲告白，感謝小智讓她學會與寶可夢相處，兩人的羈絆深深感動了在場所有人。隨後，小智在機場與視他如家人的庫庫伊博士與芭內特博士告別，並將木木梟、鬃岩狼人等寶可夢託付給博士照顧。當飛機升空時，卡奇、瑪奧、水蓮與馬瑪內騎著飛行寶可夢出現在窗外，給了小智最後一個驚喜的「阿羅拉式送行」。
各自奔向夢想的未來
故事最後以一段感人的蒙太奇交待了大家的近況：卡奇開始與麗姿進行修行，水蓮與父親出海尋找瑪納霏，馬瑪內前往豐緣地區的綠嶺市。瑪奧的哥哥烏魯帶著葛拉西蒂亞花回到餐廳，讓瑪奧一直照顧的謝米變幻為天空形態，與同伴一起飛向遠方。畫面最後停留在眾人聚餐的大合照，象徵著阿羅拉的這段冒險雖然告一段落，但新的夢想與冒險才正要開始。