尋找莫恩博士的蹤跡
故事開端，格拉吉歐與莉莉艾在扎奧博的帶領下，於以太樂園尋找失蹤父親莫恩博士的研究資料。扎奧博透露，當年露莎米奈因過度悲傷而凍結了莫恩的研究。然而，在得知莫恩可能還活著的消息後，露莎米奈意識到自己不該隱瞞父親的事，於是決定帶領兄妹倆前往莫恩生前的私人研究室。
莫恩博士的祕密房間與Z手環
在莫恩的房間裡，眾人感受到了他身為研究者與父親的溫暖。莉莉艾意外發現了父親留下的Z手環。管家詹姆斯解釋，那是莫恩當年移居阿羅拉地區時，從美樂美樂島的島王哈拉手中獲得的。此外，房間的祕密隔間中還藏著一隻生鏽且靜止的人造寶可夢——瑪機雅娜。露莎米奈解釋，這是莫恩當年想修復好送給莉莉艾的出生禮物，可惜直到失蹤前都未能成功啟動。
島王哈拉的考驗
為了獲得繼承父親Z手環的資格，莉莉艾在小智等同學的陪同下，前往美樂美樂島尋求島王哈拉的許可。哈拉回憶起莫恩當年熱血的戰鬥風格，要求莉莉艾與白滾滾當場演示冰屬性Z招式「激狂大地萬里冰封」。雖然莉莉艾與白滾滾在關鍵時刻未能成功釋放招式，但哈拉看出了莉莉艾堅定的意志與潛力，給予了她持有手環的「臨時執照」。
新的夢想與父女的絆
回到房間後，莉莉艾在瑪機雅娜身旁發現了莫恩親筆撰寫的「瑪機雅娜日記」。日記中詳實記錄了莫恩發現瑪機雅娜的過程，以及他想看見女兒與瑪機雅娜一起歡笑的心願。讀完日記的莉莉艾感動落淚，並向母親與哥哥提出請求，希望能由她親自照顧瑪機雅娜，直到將它修復啟動並尋回父親。莉莉艾帶著父親的傳承，正式開啟了尋親與修復機巧公主的新篇章。