阿羅拉寶可夢聯盟正式宣佈舉辦
故事開端，小智與皮卡丘在寶可夢學校的操場上進行特訓，並成功施展了鋼屬性的Z招式「超絕螺旋連擊」，展現了強大的訓練成果。隨後，眾人前往以太樂園參加庫庫伊博士召開的重大記者會。庫庫伊博士在會上正式宣佈，阿羅拉地區將舉辦首屆「阿羅拉寶可夢聯盟」，目標是選出地區的最強冠軍。這項計劃得到了島嶼之王哈拉、默丹，島嶼女王麗姿、哈普烏以及以太基金會理事長露莎米奈的全面支持與資助。小智與朋友們深受鼓舞，紛紛決定參賽，連隱藏在人群中的火箭隊也萌生了奪冠並將地區獻給坂木老大的野心。
骷髏隊首領古茲馬的歸來
就在全阿羅拉沉浸在聯盟即將開幕的喜悅時，骷髏隊的首領古茲馬與幹部布爾美利回到了地區。古茲馬透過電視看到庫庫伊博士的發表後大感憤怒，他一向對島嶼巡禮的傳統與任何「最強」的體制感到厭惡，認為這一切都是虛偽且多餘的。為了阻撓聯盟的進行，古茲馬帶著手下前往梅勒梅勒島，宣稱要「破壞」聯盟。在路上，古茲馬與火箭隊短暫交鋒，他派出的具甲武者展現了壓倒性的力量，瞬間擊潰了小次郎的好壞星，展現出不負「破壞之王」名號的強悍實力。
衝突與對決：小智挑戰古茲馬
古茲馬帶領骷髏隊闖入寶可夢學校，直接指名挑釁庫庫伊博士。小智不忍看到古茲馬對聯盟的蔑視，主動提出以對戰來解決糾紛。雙方在操場展開對決，由皮卡丘對陣具甲武者。具甲武者憑藉其如鑽石般堅硬的鎧甲與強力招式「迎頭一擊」和「飛彈針」讓皮卡丘陷入苦戰。儘管小智隨後發動全力的Z招式「超絕螺旋連擊」，具甲武者卻以精湛的防禦技巧將其威力化解，並使用「毒擊」使皮卡丘陷入中毒狀態。
未完的戰鬥與過往的謎團
對戰進行到一半時，具甲武者突然展現出冷漠的態度並返回精靈球中（暗示其特性的影響）。古茲馬以此為藉口，嘲諷小智實力太弱讓他失去興趣，隨即終止比賽。庫庫伊博士當眾質問古茲馬是否又要像當年逃避「島嶼巡禮」一樣再次逃跑，這番話激怒了古茲馬，也揭示了兩人之間深沉的宿怨。古茲馬最終帶著手下離去，並威脅要在正式比賽中徹底摧毀聯盟。雖然面對強大的敵人，小智與朋友們依然堅定志向，決心為了追求更高的目標而努力特訓，迎接充滿挑戰的阿羅拉聯盟。