重逢的引導：卡璞・鰭鰭的迷霧
故事發生在波尼島自由研究的尾聲。小智、卡奇、馬瑪內、水蓮、莉莉艾與瑪奧聚集在寶可夢中心。哈普烏向大家解釋了關於彼岸遺跡守護神「卡璞・鰭鰭」的傳說：牠擁有一種神祕力量，能產生將現世與冥界連接的迷霧，讓人與已故的親友或寶可夢重逢。然而，哈普烏也發出警告，若無法忍受第二次別離的痛苦，靈魂可能會被永久困在霧中。這段話讓瑪奧陷入沉思，因為她心中一直掛念著年幼時病逝的母親。
心中的結：瑪奧的遺憾
瑪奧對水蓮透露，當初母親因病反覆住院，每次見面總是對她說「對不起」，這讓年幼的瑪奧感到非常難過與不耐煩。在兩人最後一次見面時，瑪奧竟脫口而出「我最討厭媽媽了」，這句話成了她心中無法抹滅的遺憾。隨後，當眾人在哈普烏的農田中幫忙耕種波尼大根時，神祕的迷霧突然籠罩了整片田地，眾人在濃霧中失散，各自進入了與思念之人重逢的空間。
師徒重逢與意志的試煉
在迷霧中，小智與炎熱喵遇到了曾經照顧過炎熱喵且已過世的長毛狗。炎熱喵興奮地向恩師展示自己的成長，並在老長毛狗的特訓引導下，成功將「火花」招式進化為強大的「大字爆炎」。與此同時，格拉吉歐與莉莉艾也在霧中拼命呼喚失蹤多年的父親莫恩，希望能見到他的身影。
母女的真心話：從道歉到感謝
瑪奧在甜冷美后的陪同下，終於在霧中見到了母親。瑪奧泣不成聲地為當年的狠話道歉，但母親溫柔地擁抱了她，並告訴瑪奧，比起「對不起」，她其實更想說的是「謝謝你」，感謝瑪奧成為她的孩子，並開朗地長大。瑪奧也終於釋懷，將滿心的愧疚轉化為感謝，母女倆達成了遲來的和解。當母親消失後，幻之寶可夢「謝米」出現在瑪奧身邊，作為感謝與思念的象徵，決定與瑪奧一同旅行。
新任島嶼女王的誕生與新的希望
為了救出受困於霧中的朋友們，哈普烏在彼岸遺跡前向卡璞・鰭鰭展現了強大的覺悟。她與泥偶巨人展現的戰鬥意志與守護之心打動了守護神。哈普烏在霧中見到了已故的祖父索夫，索夫正式告知她已被認可為波尼島的新任島嶼女王。隨著迷霧散去，眾人重聚。哈普烏指出，莉莉艾兄妹沒能見到父親，可能代表莫恩其實還活在世上的某個地方。故事最後，哈普烏同意在完成接任儀式後，接受小智的大試練挑戰。