波尼島的自由研究與小智的挑戰
在阿羅拉地區的波尼島上，寶可夢學校的學生們正為了自由研究課題而各自努力。卡奇與爆焰龜獸、嘎啦嘎啦進行特訓；馬瑪內為了讓蟲電寶進化而鍛鍊體力；瑪奧在市場尋找新菜單的食材；水蓮在師父伊亞的指導下挑戰釣大魚；莉莉艾則忙著觀察島上的寶可夢。而小智一心想與哈普烏再次對戰，甚至找上了哈普烏的家，卻發現她不在家。
哈普烏的煩惱與彼岸的遺跡
小智從喬伊小姐處得知，哈普烏可能在彼岸的遺跡。此時，哈普烏正在彼岸的遺跡向波尼島的守護神卡璞・鰭鰭祈禱。她希望能繼承祖父索夫烏的遺志，成為島嶼女王，但卡璞・鰭鰭至今仍未認可她，這讓哈普烏感到困惑與焦慮，迫切希望能見到祖父並獲得指引。
格拉吉歐的現身與父子回憶
與此同時，莉莉艾在島上觀察寶可夢時意外遇見了哥哥格拉吉歐。格拉吉歐透露他來到波尼島是為了向卡璞・鰭鰭挑戰大考驗。更重要的原因是，傳說卡璞・鰭鰭擁有讓人與逝者重逢的力量，格拉吉歐希望能見到當年因究極之洞研究事故而失蹤的父親莫恩。莉莉艾雖然對父親沒有記憶，但也能感受到哥哥對父親溫暖手心的懷念。格拉吉歐決定透過鍛鍊與銀伴戰獸等搭檔的羈絆，來喚出卡璞・鰭鰭。
關於大考驗意義的衝突
小智在找尋哈普烏的路上，協助安撫了因踩到太阳珊瑚枝條而暴走的重泥挽馬。雖然哈普烏對此表示感謝，但當小智提出對戰請求，甚至提議直接挑戰卡璞・鰭鰭來代替大考驗時，激怒了視大考驗為神聖儀式的哈普烏。哈普烏嚴厲斥責小智根本不了解大考驗的真諦——那是島嶼之王代領守護神鍛鍊挑戰者的神聖儀式。就在雙方爭執時，小智意外從山崖掉落，正好落在格拉吉歐與莉莉艾面前。
鬃岩狼人的巔峰對決
在莉莉艾的提議下，格拉吉歐決定與小智進行一場「鬃岩狼人對決」，並由哈普烏擔任裁判。小智派出「黃昏的樣子」的鬃岩狼人，對上格拉吉歐「黑夜的樣子」的鬃岩狼人。戰鬥過程異常激烈，小智巧妙利用地形反擊，而格拉吉歐則展示了高超的戰術，甚至讓鬃岩狼人利用受到Ｚ招式衝擊的瞬間從「逆鱗」後的混亂狀態中清醒。最終，格拉吉歐使出新的Ｚ招式——龍屬性的「究極巨龍震天地」，擊敗了小智。哈普烏在一旁全程目睹，被這場熱血且充滿信任的戰鬥深深震撼，體會到了另一種純粹的對戰魅力。
卡璞・鰭鰭的現身
戰鬥結束後，格拉吉歐與小智互相激勵。就在此時，彼岸的遺跡方向傳來了神祕的鳴叫聲，波尼島的守護神卡璞・鰭鰭在眾人面前緩緩現身。這場對戰的熱氣與眾人的思念，似乎真的傳達到了守護神的心中。故事在神祕的氣氛下畫上句點，也為接下來的發展埋下了伏筆。