荒廢世界的真相與並行世界
小智與皮卡丘在卡璞・鳴鳴的引導下，意外來到了另一個荒廢的世界。在這裡，小智發現了破損不堪的寶可夢學校，並遇見了獨自對抗究極異獸「惡食大王」的青年迪亞及其搭檔捷拉奧拉。迪亞向小智解釋，這裡是一個與阿羅拉相似的並行世界，十年前因為人類過度開發導致自然環境被破壞，守護神卡璞・鳴鳴因此離去，隨之而來的惡食大王則吞噬了一切，將城鎮化為廢墟。
特訓與搭檔間的默契
雖然迪亞最初反對小智介入戰鬥，但小智不願放棄的精神打動了他。小智與迪亞決定合作，讓皮卡丘與捷拉奧拉進行聯合特訓。他們計劃利用「電網」封鎖惡食大王的行動，再針對其大口上方的弱點——「第二張臉」發動致命一擊。迪亞提到，在這個守護神消失的世界，原本強大的Z招式已經無法使用，這讓戰情變得格外艱辛。
決戰惡食大王
眾人將惡食大王引誘至正在縮小的究極之洞前，試圖將其送回原本的世界。戰鬥中，惡食大王強大的防禦力讓小智與迪亞陷入苦戰。就在究極之洞即將關閉、眾人即將支撐不住的危急關頭，這個世界的異色（黑色）卡璞・鳴鳴突然現身，並奇蹟般地賦予了他們再次使用Z招式的能量。
雙重電光與重返原點
小智與皮卡丘、迪亞與捷拉奧拉共同發揮全力的鬥志，同時施展強大的招式，合力將惡食大王徹底推入究極之洞。戰鬥結束後，這個世界的自然氣息似乎有一絲復甦的跡象。在異色卡璞・鳴鳴的幫助下，小智與皮卡丘通過對戰產生的電能裂縫，成功回到了原本的世界，與瑪奧、卡奇等朋友們重逢。小智雖然經歷了一場生死冒險，但對他而言，守護阿羅拉自然環境的心志變得更加堅定。