任務開始：維拉火山的磁力異常
露莎米奈代表究極防衛隊向小智一行人發布新任務。近期在阿卡拉島的維拉火山一帶偵測到強烈的磁力反應，這股異常磁場干擾了對究極氣場的探測，可能影響未來應對究極異獸的工作。為了找出原因，小智、卡奇、馬瑪內前往礦山方面調查，而水蓮、瑪奧與莉莉艾則在周邊區域搜索。
發現真相：閃光石與流離失所的寶可夢
在調查過程中，小智等人遇見了成群的小拳石與隆隆石（阿羅拉樣子）。馬瑪內利用傳感器發現磁力異常正是源自於這些寶可夢。卡奇解釋，這些寶可夢喜歡啃食維拉火山特產、充滿電能的「閃光石」。原本居住在礦山深處的牠們，不知為何集體遷移到地表，大量聚集所產生的磁場導致了這次的異常。隨後，眾人發現了原因：一群岩石獵人正違法挖掘閃光石製作飾品牟利，並利用大甲強行驅趕寶可夢。卡奇憤而與之對抗，暫時趕跑了獵人。
礦山對決：狂怒的隆隆岩現身
眾人跟隨線索進入礦山深處，遇到了守護火山的登山男三人組，得知閃光石引發的流行熱潮招來了更多獵人，導致地底生態失衡。此時，一隻憤怒的隆隆岩（阿羅拉樣子）現身，由於家園遭到破壞，牠開始無差別地發射帶電岩石攻擊所有人。小智的皮卡丘與卡奇的嘎啦嘎啦在混亂中受傷，情況一度陷入危機。
金屬怪的勇氣與新的守護者
在隆隆岩彈藥用盡的空檔，馬瑪內指揮金屬怪上前與隆隆岩進行力量角力。金屬怪展現出驚人的毅力，與隆隆岩正面交鋒。有趣的是，隆隆岩一族以身上砂鐵形成的「眉毛」粗濃程度來決定領袖地位，而金屬怪在角力過程中，磁力不自覺地吸附了大量砂鐵在額頭上，形成了一對極具威嚴的「眉毛」。隆隆岩因此對金屬怪產生了敬意，雙方化敵為友，成功平息了騷動。
結局：維拉火山的和平
事件解決後，登山男三人組決定加強火山的巡邏工作，防止岩石獵人再次入侵。原本那隻領頭的隆隆岩也決定跟隨登山男，成為守護火山的一份子。最後，在大家的分工合作下，維拉火山恢復了往日的平靜，小智一行人也再次圓滿完成了究極防衛隊的任務。