鬼屋計劃的開端
在阿羅拉地區的寶可夢學校，水蓮向大家提到她的雙胞胎妹妹詩涵與露涵自從在電視上看到鬼屋後，就一直吵著要去玩。由於阿羅拉當地很少見到鬼屋，小智與同學們提議乾脆在學校親手製作一個鬼屋送給她們。此時，來自烏拉烏拉島的阿塞蘿拉帶著她的幽靈屬性寶可夢「迷擬炭」（一隻幽靈迷擬丘）正好來到學校，並決定加入這場活動。成也·大木校長也大方出借夜晚的校園，讓大家展開這場驚險刺激的鬼屋之旅。
混入真實的恐懼
活動開始後，由洛托姆圖鑑帶領著興奮的詩涵與露涵進入漆黑的教學樓。小智、卡奇、瑪奧、莉莉艾與馬瑪內分別帶著各自的寶可夢埋伏在各處扮演妖怪。然而，由於「迷擬炭」散發出的氣息，竟然吸引了大量的野生幽靈屬性寶可夢聚集到學校中。原本由學生們準備的機關被真實的靈異現象取代，場景變得極度詭異，甚至超出了大家的預期。正當大家感到不對勁時，一隻強大的夢妖魔出現，將眾人拉入了一個超現實的夢境空間。
迷失在夢妖魔的幻象
在夢妖魔創造的幻覺世界中，空間完全扭曲，重力反轉。詩涵與露涵開心地與幽靈寶可夢飛翔，渾然不知危險。小智、卡奇、莉莉艾與皮卡丘等寶可夢被變成了動彈不得的木偶，而瑪奧與馬瑪內則在甜點屋中逐漸變成了軟綿綿的棉花糖。水蓮與阿塞蘿拉意識到，如果不能從這個夢境中醒來，大家可能會被永遠帶往另一個世界。她們在混亂的幻象中奮力尋找失散的同伴與妹妹，情況一度陷入危機。
樹枕尾熊的救贖與結局
水蓮發現這一切都是夢境後，試圖喚醒大家。此時，她們在幻境中遇見了平時就在學校生活的樹枕尾熊。阿塞蘿拉推測夢妖魔的夢境正與樹枕尾熊的夢境交織在一起。水蓮對著樹枕尾熊大聲呼救，希望牠能敲響校鐘來打破幻象。在關鍵時刻，樹枕尾熊在夢中敲響了大鐘，強大的鐘聲震碎了夢妖魔的幻術，讓所有人在瞬間回到了現實中的校園。最後，雖然大家被嚇出一身冷汗，但詩涵與露涵卻覺得這次的鬼屋體驗非常愉快。水蓮雖然對調皮的妹妹們感到無奈，但看到大家平安無事，這場驚險的夜晚鬼屋活動也圓滿落幕。