庫庫伊與札奧博的苦戰
在阿羅拉地區，庫庫伊博士與札奧博正與火箭隊的精銳部隊「真鳥矩陣」展開激烈交戰。豪藏指揮的超級波士可多拉實力強悍，一擊便擊敗了札奧博的胡地與素利柏。關鍵時刻，庫庫伊博士為了守護大家，隱晦地展現出皇家蒙面人的戰鬥風格，與熾焰咆哮虎使出惡屬性Z招式「極惡飛躍大壓殺」重創對手。與此同時，守護神卡璞・鳴鳴也現身干擾火箭隊的母艦，迫使真鳥撤退。而在究極空間中，奈克洛茲瑪在吸收了小智等人的Z力量後，反而進一步強化了與索爾迦雷歐的融合狀態（日蝕奈克洛茲瑪），眾人陷入了前所未有的困境。
集合阿羅拉全體的能量
透過露莎米奈、芭內特博士與比凱的遠端通訊，小智得知了古代壁畫的真相：要讓失去光芒的「光輝大神」復活，需要索爾迦雷歐、露奈雅拉以及人類與寶可夢全體共同分享光芒。在島嶼之王哈拉、麗姿、默丹以及四位島嶼守護神的帶領下，全阿羅拉的居民與寶可夢共同舉起雙手，將感謝的祈願與Z力量化作光芒送往究極之洞。甚至連火箭隊三人組與穿著熊也感受到了這股純淨的力量，加入了傳遞能量的行列。這股龐大的能量成功讓奈克洛茲瑪與索爾迦雷歐分離。
究極奈克洛茲瑪的重生
雖然索爾迦雷歐恢復了自由，但奈克洛茲瑪仍未完全復原。在格拉吉歐的提議下，小智與格拉吉歐分別駕馭索爾迦雷歐與露奈雅拉，同時發動了傳說寶可夢的專屬Z招式——「日光迴旋下蒼穹」與「月華飛濺落靈霄」。這兩股強大的能量成為最後的關鍵，讓奈克洛茲瑪終於轉化為全身散發耀眼光芒的「究極奈克洛茲瑪」。光輝大神的恩澤瞬間灑遍毒貝比所居住的世界，原本荒蕪的大地重新長出綠植與水源，世界恢復了往日的生機與和諧。
毒貝比的抉擇與道別
就在世界復原、究極之洞即將關閉之際，毒貝比向小智表達了牠想留下來守護家園的意願。雖然小智感到萬分不捨，但看著毒貝比與同伴及四顎針龍開心的模樣，決定支持牠的選擇。小智與毒貝比在最後畫下了代表「最喜歡大家」的圖形，完成了感人的道別。最終，究極衛隊成員們平安返回阿羅拉，馬納羅祭典也隨著光輝大神的傳說圓滿落幕。眾人深信，無論身處何方，與寶可夢的情誼將永遠連向未來。