前往究極之洞與地面上的防衛戰
為了救回被「究極黑」（奈克洛茲瑪）吞噬並帶走的索爾迦雷歐，小智與究極防衛隊成員在受傷的露奈雅拉帶領下，毅然決定進入究極之洞。雖然露莎米奈擔心其中的危險，但在隊員們堅定的意志下，最終給予了支持。與此同時，在庫庫伊博士與扎奧博的建議下，露莎米奈留在基地指揮，而他們兩人則留在阿羅拉地區對抗企圖趁火打劫的火箭隊「真鳥矩陣」。在戰鬥中，真鳥矩陣的幹部戈姿展現了強大的實力，他讓波士可多拉進行「超級進化」，以壓倒性的力量擊敗了庫庫伊博士與扎奧博的寶可夢。
毒貝比的故鄉與四顎針龍的啟示
小智一行人穿過究極之洞後，來到了毒貝比的故鄉。這是一個荒涼且缺乏光明的世界。在那裡，他們遇見了大量的毒貝比以及牠們的領導者——巨大的究極獸四顎針龍。四顎針龍展現出虛弱的姿態，小智等人拿出身上的樹果為其療傷。隨後，四顎針龍利用心靈感應向大家展示了這個世界的過去。原來這裡曾經充滿光明，而這份光明的源頭正是被毒貝比一族稱為「光輝大神」的奈克洛茲瑪。
光輝大神的悲劇與犧牲
透過四顎針龍的記憶影像，眾人得知在很久以前，為了保護世界免受隕石衝擊，光輝大神奈克洛茲瑪耗盡了全身的光芒來守護大地，但也因此陷入永恆的沉睡，變成了漆黑的姿態（究極黑），世界也隨之枯萎。為了讓家園重生，小智的那隻毒貝比才獨自前往阿羅拉尋找光芒。而現在，奈克洛茲瑪是為了吸收太陽與月亮化身的光芒來自我修復，才會襲擊索爾迦雷歐與露奈雅拉。這讓眾人陷入兩難：救出索爾迦雷歐可能意味著毒貝比的世界將永遠失去重生的希望。
分享光芒的決心與Z力量的釋放
面對這個困境，小智堅定地表示「要拯救全部」。莉莉艾隨即想起了阿羅拉關於光輝大神的另一個傳說：當年光輝大神失去光芒後，是阿羅拉的人類與寶可夢共同祈禱，將光芒分享給祂，才讓祂重獲新生。與此同時，在基地的芭內特博士也成功解讀了遺跡壁畫，證實了透過分享能量（Z力量）來幫助光輝大神的可能性。為了救出索爾迦雷歐並拯救毒貝比的世界，小智、格拉吉歐、卡奇與水蓮同時發動了強大的Z招式，將充滿希望的Z力量全力灌注給與露奈雅拉交戰中的奈克洛茲瑪。