火箭隊精銳部隊與謎之究極異獸的現身
故事開始於阿羅拉地區陷入的奇異氛圍，火箭隊由真鳥帶領的精銳部隊「真鳥矩陣」正隱密地接近阿羅拉。與此同時，傳說中的寶可夢露奈雅拉從究極之洞現身，隨後出現的是一隻被稱為「UB:BLACK」的神祕黑色究極異獸——奈克洛茲瑪。兩者在美樂美樂島上空展開激烈追逐，奈克洛茲瑪企圖吸收露奈雅拉的能量。島嶼之王哈拉與守護神卡璞・鳴鳴在一旁守護，並對這股不尋常的力量感到戒備。
究極衛士的出擊與露奈雅拉的危機
小智與究極衛士的其他成員在露莎米奈的指示下緊急出動。當他們抵達戰場時，發現奈克洛茲瑪正強制吸取露奈雅拉的究極氣場。洛托姆圖鑑指出奈克洛茲瑪的外型與毒貝比平時繪畫出的圖案，以及古代壁畫中的「輝耀大神」極其相似。儘管究極衛士與格拉吉歐分別派出寶可夢協助，奈克洛茲瑪仍展現了壓倒性的力量，並在眾人面前強行將露奈雅拉吞噬，合體成為「奈克洛茲瑪（月食形態）」。
索爾迦雷歐的救援與奈克洛茲瑪的再次進化
此時，「真鳥矩陣」利用隱形技術發射電磁網企圖捕獲月食形態的奈克洛茲瑪。關鍵時刻，小智的老朋友索爾迦雷歐突破究極之洞趕到。索爾迦雷歐對飛行船發動攻擊並成功救出露奈雅拉，但奈克洛茲瑪隨即將目標轉向索爾迦雷歐。在一片混亂中，奈克洛茲瑪反將索爾迦雷歐吞噬，轉變為「奈克洛茲瑪（日食形態）」，並迅速逃回究極之洞中。小智眼睜睜看著索爾迦雷歐被帶走，而失去能量的露奈雅拉則從空中墜落。
治療露奈雅拉與奪回阿羅拉光明的決心
眾人隨即將受傷的露奈雅拉送往寶可夢學校地下的基地，由庫庫伊博士與バーネット博士進行治療。令人意外的是，隨著奈克洛茲瑪離開，原本身心俱疲的阿羅拉地區大人們竟奇蹟般地恢復了精神，這是因為奈克洛茲瑪轉向吸收索爾迦雷歐的能量而停止了對阿羅拉光明的掠奪。露莎米奈分析奈克洛茲瑪與壁畫中的傳說有著深刻關聯。在眾人的細心照料下，露奈雅拉終於甦醒並恢復活力，小智、格拉吉歐與究極衛士們誓言要全力救回索爾迦雷歐，為守護阿羅拉的光明而戰。