體育課的跳箱練習與神祕石垣
在寶可夢學校的操場上，庫庫伊博士正在指導小智一行人進行跳箱練習。學生們表現各異，瑪奧與甜冷美后展現了完美的默契，莉莉艾雖然做了功課但仍失敗，而水蓮則展現驚人實力，輕鬆跳過12階，令卡奇燃起強烈鬥志。在練習過程中，操場上出現了一個巨大的、由方塊組成的石垣狀物體。小智與卡奇試圖將其當作跳箱挑戰，但卡奇在跳躍時驚覺這座「石垣」竟然有無數隻眼睛正在盯著他，嚇得他當場失神。隨後，眾人接到了究極防衛隊的緊急傳喚。
究極防衛隊出動，捕獲目標壘磊石
露莎米奈與芭內特博士向大家說明，這個神祕物體是名為「壘磊石」的究極異獸，屬於岩石與鋼屬性，是由許多小型方塊生命體聚合而成的石垣寶可夢。究極防衛隊趕往現場試圖捕獲，但壘磊石動作極其靈敏，避開了所有的究極球，且防禦力驚人，連眾寶可夢的聯合攻擊都毫無效果。任務暫時陷入僵局，隔天眾人發現壘磊石從學校消失了，並根據追蹤器的反應，發現它移動到了布爾甘的建築工地。
布爾甘的野心與壘磊石的暴走
貪心的建築商布爾甘打算在工地建造「布爾甘塔」，他將壘磊石誤認為是部下準備好的底座，並利用大型起重機將自己的黃金像強行安置在壘磊石頂部。根據乙太基金會的最新研究，壘磊石極度厭惡被東西壓在頭頂，這導致它開始憤怒地劇烈晃動，試圖甩掉雕像。儘管布爾甘試圖阻止，但黃金像最終還是倒塌了。然而，壘磊石的憤怒並未平息，甚至開始在工地上暴走，這讓小智意識到必須有人上到它的頂端安撫它。
發揮練習成果，成功究極捕獲
小智想起練習跳箱的技巧，他提議將卡奇的爆焰龜獸當作踏板。雖然過程遭遇阻礙，但小智仍成功跳上壘磊石的頂端，並指揮皮卡丘使用「鐵尾」切斷了雕像殘留的黏合處。小智在劇烈擺動的壘磊石頂端堅持不懈，最終贏得了它的信任，使其平靜下來。在與壘磊石達成共識後，小智成功用究極球將其捕獲，隨後在露莎米奈等人的見證下，將壘磊石送回原本的世界。布爾甘在失敗後決定放棄建築夢，改行投資寶可夢基地球隊，而小智則繼續朝著更高階的跳箱目標努力練習。