前往究極空間，救援露莎米奈
小智一行人在索爾迦雷歐的引導下，成功穿梭究極之洞，抵達了究極異獸所居住的異世界——究極深海。這裡遍布著神祕的結晶與礦石。眾人隨即發現了被大量究極異獸「虛吾伊德」包圍的露莎米奈。然而，此時的露莎米奈已經與虛吾伊德合體，外貌發生劇烈變化，且心智退化至如孩童般任性，拒絕與小智等人回到原本的世界。為了守護她口中「心愛的玩具（究極異獸）」，她不惜對孩子們發動攻擊。
同伴們的掩護，分頭展開戰鬥
為了突破虛吾伊德製造的屏障，索爾迦雷歐展現強大力量開路。露莎米奈隨後派出自己原本持有的寶可夢阻攔眾人，這些寶可夢在虛吾伊德的能量影響下，全身散發著不祥的氣場且實力大增。為了讓小智與莉莉艾能繼續前進，夥伴們決定留下斷後。卡奇帶領爆焰龜獸與嘎啦嘎啦與「焰后蜥」交戰，並展現了熱血的Ｚ招式「超強力極限爆焰」取得優勢；瑪奧、水蓮與馬瑪內則聯手對抗裙兒小姐、美納斯與夢妖魔，小智也留下木木梟與火斑喵提供支援。
格拉吉歐的決意與莉莉艾的牽絆
眾人持續深入，露莎米奈再度派出阿勃梭魯阻擋，格拉吉歐決定獨自留下面對。他派出銀伴戰獸、月亮伊布與鬃岩狼人，與母親的寶可夢展開激鬥，並囑託小智一定要保護好莉莉艾。最後，擋在莉莉艾面前的是她童年最親密的玩偶夥伴——皮可西。面對皮可西的猛烈攻勢，莉莉艾雖然不擅長對戰，但她選擇以心靈感應的方式進行對抗。
喚醒皮可西，向終點邁進
莉莉艾拿出了童年時期與皮可西一起玩耍的「皮皮玩偶」，透過深情的話語與回憶，試圖喚醒皮可西被控制的意識。她堅定地告訴皮可西，無論外型如何改變，雙方共同度過的時光絕不會消失。在莉莉艾不顧危險的擁抱與真誠告白下，皮可西終於擺脫了虛吾伊德的控制，重回莉莉艾的身邊。莉莉艾成功找回了重要的夥伴，而小智、皮卡丘與索爾迦雷歐則帶著眾人的意志，衝向露莎米奈所在的最深處，準備進行最後的救贖。