格拉吉歐的憤怒與扎奧博的陰謀
故事開端，格拉吉歐對於小智帶領莉莉艾與他見面感到非常不滿，因為莉莉艾在見到「屬性：空」後想起了恐怖的回憶，導致她再度變得無法觸摸寶可夢。與此同時，扎奧博為了奪回被格拉吉歐帶走的「屬性：空」，帶著素利柏與胡地強行闖入格拉吉歐的住處。儘管格拉吉歐派出月亮伊布與鬃岩狼人應戰，但最終仍不敵素利柏的催眠術而陷入昏睡，被迫交出了寶可夢球。
莉莉艾的決心與小星雲的引導
在另一邊，雖然莉莉艾再次無法接觸寶可夢，但在小智、同學以及芭內特博士的鼓勵下，她決定不再逃避，並希望能找回所有失去的記憶，以了解自己恐懼的真相。感受到了莉莉艾強烈的願望，小星雲利用瞬間移動帶著莉莉艾、小智和洛托姆圖鑑穿梭於多個充滿回憶的地點。他們最後來到了以太樂園地下的研究區塊，這正是莉莉艾童年發生意外的地方。
扎奧博的阻撓與火箭隊的堅持
扎奧博擔心四年前他私自開啟究極之洞並引發虛吾伊德攻擊莉莉艾的秘密會被發現，於是企圖再度利用素利柏消除莉莉艾的記憶。他甚至想收買火箭隊幫忙抓捕莉莉艾，但火箭隊卻以「我們是正義的惡徒，不是卑劣的惡徒」為由拒絕與他同流合汙。就在扎奧博準備動手時，小智與莉莉艾及時趕到，雙方在地下實驗室展開對峙。
真相大白與莉莉艾的進化
關鍵時刻，格拉吉歐與露莎米奈趕到現場。格拉吉歐派出了「屬性：空」對抗扎奧博。在混亂的記憶碎片中，莉莉艾終於回想起四年前的真相：原來當她被究極之獸虛吾伊德襲擊時，並非「屬性：空」在驚嚇她，而是牠挺身而出救了自己。格拉吉歐將「黑暗存儲碟」交給「屬性：空」，使其破除頭部的拘束具，進化為真正的「西爾瓦迪」並擊敗了扎奧博。莉莉艾意識到西爾瓦迪一直是她的救命恩人，在解開心結後，她終於克服了心理障礙，不僅能觸摸西爾瓦迪與皮卡丘，也重新找回了喜愛寶可夢的初衷。