前往以太樂園
小智與學校的同學們在莉莉艾的帶領下，受邀前往由莉莉艾母親露莎米奈經營的設施「以太樂園」。抵達後，眾人見到了以太基金會的分部長札奧博與幹部碧珂。雖然是受邀前來，但札奧博對小智攜帶的傳說中的寶可夢「小星雲」展現出極大的興趣與企圖心。與此同時，火箭隊三人組也變裝混入設施內打工，並在因緣際會下被札奧博招攬為臨時部下，圖謀奪取設施內的稀有寶可夢。
繁忙的露莎米奈與保護區巡禮
進入設施後，莉莉艾原本期待能與母親共度時光，但身為理事長的露莎米奈卻忙於公務，電話接個不停。這讓莉莉艾感到被冷落而有些生氣，於是決定自己帶領小智一行人參觀設施。眾人來到位於設施上層的寶可夢保護區，這裡模擬了自然環境，保護著傷殘或離群的寶可夢。在這裡，他們遇到了協助露莎米奈研究的芭內特博士及其搭檔小卡比獸，並了解到以太基金會致力於治癒寶可夢並將其送回大自然的使命，小智對此深感佩服。
混亂的百變怪大搜查
在參觀過程中，眾人協助芭內特博士為受保護的百變怪進行預防接種。然而，其中一隻特別害怕打針的百變怪趁亂逃脫，並利用變身能力躲藏在保護區中。百變怪先後變成了鏡子、木木梟、洛托姆圖鑑、甚至是有七顆蛋的蛋蛋。眾人展開了一場別開生面的搜索行動，洛托姆圖鑑指出百變怪變身後的眼睛特徵通常仍是點狀。最終，這隻百變怪變成了莉莉艾的搭檔「白晃晃」，卻因莉莉艾對搭檔的敏銳直覺而被識破。小智成功抓住了百變怪，順利完成了預防接種。
母女的羈絆與暗藏的陰謀
搜查結束後，露莎米奈趕到現場，得知是莉莉艾與朋友們解決了問題後大加讚賞，並當眾稱呼莉莉艾為「可愛的小寶寶」，讓莉莉艾感到十分羞恥。儘管如此，莉莉艾也逐漸理解母親忙碌工作背後的意義。然而，在溫馨氛圍的另一端，札奧博正密切監視著莉莉艾，擔心她會想起過去與人工寶可夢相關的創傷。而火箭隊在誤闖秘密實驗室時，意外看見了關於「屬性：空」與「究極異獸」的研究資料，隨即被札奧博發現並威脅不准外洩。這一連串的事件暗示著以太樂園平靜外表下的巨大波瀾。