庫庫伊博士的特別課題：交換夥伴
在阿羅拉地區的寶可夢學校，庫庫伊博士為學生們安排了一項特別的課程——「交換夥伴」。這項課程要求大家暫時交換自己的搭檔寶可夢並共同生活兩天，目的是讓大家能更深入了解夥伴以外的寶可夢。經過抽籤，交換結果為：小智與莉莉艾交換（皮卡丘與白滾滾）、瑪奧與馬瑪內交換（甜舞妮與托戈德瑪爾）、水蓮與卡奇交換（球球海獅與爆焰龜獸）。
各自的兩天生活：挑戰與磨合
交換初期，大家都面臨了不同的挑戰。莉莉艾雖然想和皮卡丘親近，但礙於心理障礙仍不敢觸碰牠；而白滾滾（冰六尾）到了小智家後，因為怕生而拒絕進食。馬瑪內因為習慣了托戈德瑪爾的陪伴而難以入眠，瑪奧則忙著應付在餐廳裡過於過動的托戈德瑪爾。卡奇對於如何與水屬性的球球海獅相處感到困惑，而水蓮的妹妹們則是愛玩觸碰了爆焰龜獸背部的棘刺導致爆炸，所幸並無大礙，水蓮也耐心地為爆焰龜獸進行刷背與清理。
突破自我與建立信任
在第二天的生活中，情況開始好轉。卡奇與球球海獅合作，利用氣泡成功平息了兩隻肯泰羅的爭鬥，並以此建立了信賴。小智則帶著白滾滾散步，並在野外遇到慷慨的老奶奶分享樹果，讓白滾滾放下戒心開始進食，隨後兩人進行了招式「細雪」的特訓。莉莉艾為了能與皮卡丘心靈相通，決定向家中的管家詹姆士發起挑戰。在與詹姆士的花舞鳥戰鬥中，莉莉艾意識到如果身為訓練家的自己退縮，寶可夢就無法發揮實力。在克服恐懼後，莉莉艾指揮皮卡丘以「十萬伏特」反敗為勝，並在激動之餘自然地抱住了皮卡丘，成功克服了無法觸碰皮卡丘的障礙。
課程總結與更深厚的羈絆
週一回到學校後，大家分享了這兩天的收穫。馬瑪內開發了以甜舞妮香氣為靈感的瑪拉薩達，卡奇與水蓮也讓各自的夥伴煥然一新。最令人驚喜的是莉莉艾已經能自如地觸碰皮卡丘。最後，小智提議進行一場友誼對戰，由小智指揮白滾滾對陣莉莉艾指揮的皮卡丘。這場交換課程不僅讓學生們學會如何照顧不同特性的寶可夢，也讓他們重新體會到原本夥伴的重要性，加深了彼此間的羈絆。