水蓮與球球海獅的氣球特訓
故事開始於阿羅拉地區的寶可夢學校。小智在前往學校的路上，看見水蓮正帶著她的搭檔球球海獅在海邊努力特訓。球球海獅正練習從鼻子噴出水的氣球，這引起了小智的好奇。洛托姆圖鑑解釋，球球海獅能操縱水的氣球，並為了做出大氣球而日復一日地努力。水蓮向小智透露了她的夢想：她希望能做出一個巨大的氣球，讓自己能進入其中，潛入深海去見那些沒人見過的深海寶可夢。小智聽聞後非常支持，並鼓勵她一定能達成目標。
課外教學：與大海寶可夢親近
在課堂上，庫庫伊博士宣布明天的課外教學主題是與海洋寶可夢接觸，並邀請水蓮擔任特別講師。水蓮是班上的釣魚高手，對海洋寶可夢非常了解。為了準備釣魚教學，不擅長觸摸寶可夢的莉莉艾準備了全套的防護服作為「祕密武器」。小智因為沒有釣竿，便跟隨水蓮前往她家借用釣具。在那裡，小智見到了水蓮活潑的雙胞胎妹妹詩涵與詩婷，這對姊妹對小智與皮卡丘充滿好奇，還一度詢問小智是否為水蓮的女朋友，讓水蓮尷尬不已。
水蓮與球球海獅的相遇往事
在海邊練習時，水蓮向小智分享了她與球球海獅相遇的故事。當時球球海獅正遭到骷髏團的欺負，水蓮騎著乘龍出現並救下了受傷的牠。為了不讓球球海獅對人類失去信心，水蓮細心照顧牠，最後兩人成為了默契十足的搭檔。這段感人的往事讓小智對水蓮與球球海獅的牽絆有了更深的理解，也更期待接下來的課外教學。
混亂的海上釣魚與火箭隊的偷襲
課外教學當天，眾人分別搭乘著坐騎寶可夢乘龍與吼吼鯨前往釣魚地點。水蓮展現了高超的釣魚技巧，率先釣到了媽曼波魚；而莉莉艾雖然穿著沉重的防護衣，卻意外地釣到了珍稀的美納斯，可惜最後未能成功收服。就在眾人休息之際，火箭隊（武藏、小次郎、喵喵）突然現身，利用熱氣球發射捕獲網，抓走了所有的坐騎寶可夢乘龍與吼吼鯨，企圖建立「火箭隊坐騎部隊」。
球球海獅爆發與奇蹟的氣球
面對火箭隊的惡行，小智命令皮卡丘發動攻擊，但混亂中裝載著寶可夢的捕獲網正朝礁石撞去。在這千鈞一髮之際，水蓮激勵球球海獅，球球海獅在強烈的守護心之下，發揮出超乎想像的力量，製造出一個巨大的水氣球，成功緩衝並接住了所有受困的坐騎寶可夢。隨後，球球海獅與木木梟聯手擊退了火箭隊，而神祕的穿著熊再次出現，踏水而行將火箭隊帶走。危機解除後，水蓮與球球海獅的牽絆更加深厚，雖然最後氣球還是不小心破掉讓小智淋了一身水，但在歡笑聲中，這場充滿意義的課外教學圓滿結束。