弗拉達利的敗亡與新的威脅
在密阿雷市的稜鏡塔頂端，小智與艾嵐聯手擊敗了閃焰團首領弗拉達利，儘管弗拉達利宣稱他的理想不會終結並投身塔下，但卡洛斯的危機似乎暫時告一段落。希特隆雖然成功破壞了控制系統並解放了基格爾德，卻也因此犧牲了希特洛伊德的所有記憶。正當眾人準備喘息之際，位於弗拉達利實驗室的巨石突然產生異變，吸收了處於昏睡狀態的哈力栗（小哈），化身成巨大的基格爾德形態並開始向百刻市移動。
巨石的目標：百刻市日時計
布拉塔諾博士與大吾在實驗室現場展開調查，發現這塊巨石具有與基格爾德相似的高能量反應。根據分析，巨石正朝著百刻市的日時計直線前進。日時計是來自宇宙的巨大結晶體，擁有與超進化相同的能量，一旦巨石與日時計融合，產生的能量爆發將足以毀滅整個世界。為了阻止這場全球性災難，並救出被困在巨石核心的小哈，眾人決定展開最後的防衛戰。
基格爾德核心的對話與體悟
在移動過程中，基格爾德核心「小軟」與另一名核心「Z2」進行著溝通。Z2 對於人類破壞大自然的行為感到憤怒，認為人類不值得信任。然而，小軟卻因為與尤莉嘉、小智等人的旅行，見證了人類與寶可夢之間互相扶持、共同努力且永不言棄的精神，堅信人類擁有改變未來的力量。尤莉嘉的關懷也逐漸觸動了原本充滿敵意的 Z2。
集結！卡洛斯最強團隊
為了拯救小哈並阻止巨石，小智、艾嵐、莎莉娜、布拉塔諾博士與大吾共同發起進攻。布拉塔諾博士的烈咬陸鯊與大吾的巨金怪分別進行超進化，莎莉娜的長尾火狐也加入戰鬥提供支援。小智透過與甲賀忍蛙的感官同步，成功鎖定了小哈在巨石內部的確切位置，並讓甲賀忍蛙投擲出巨大的「水之手里劍」作為引導目標。火箭隊三人組則意外地扮演起報導者的角色，駕駛直升機向全世界直播這場攸關人類存亡的戰鬥。
道館館主全員登場
儘管眾人全力奮戰，但巨石藤蔓的增生速度極快，攻勢陷入苦戰。就在千鈞一髮之際，卡洛斯地區的八位道館館主——紫羅蘭、查克洛、可爾妮、福爺、希特隆、瑪綉、葛吉花與得撫全員到齊。在冠軍卡露乃的指揮下，這群實力強勁的館主們與小智等人組成了卡洛斯最強防衛線，共同對抗不斷進化的巨石。最終決戰即將在百刻市日時計前展開。