頂層的死鬥：守護明天的決心
在稜鏡塔頂端，小智與艾嵐聯手對抗弗拉達利的超級暴鯉龍。儘管小智的音波龍、摔角鷹人、黏美龍與烈箭鷹接連戰敗，但小智依然展現出絕不放棄的鬥志，強調人與寶可夢之間的羈絆才是真正的力量。此時，四天王帕琦拉現身，她表示在見證了少年們的決心後，決定將賭注押在未來，轉而反對弗拉達利的毀滅計畫，與小智一行人共同對抗超級暴鯉龍。
實驗室救援與大吾的支援
在法桐研究所與閃焰團祕密基地的交戰中，莎莉娜、法桐博士與瑪農在豐緣地區冠軍大吾的強力支援下，成功擊退了閃焰團成員並救出哈力栗。在此期間，火箭隊也意外地展現出保護世界的立場，以「報導」的名義協助眾人對抗閃焰團，強調世界應該屬於薩卡基老大而非閃焰團。眾人合力突破重圍，確保了受傷寶可夢的安全。
羈絆之歌：柚莉嘉喚回小軟
受控的小軟（基格爾德 Z1）在米亞雷市持續破壞，柚莉嘉在巴夏摩假面的保護下勇敢面對暴走的小軟。儘管過程險象環生，柚莉嘉仍含淚唱起與小軟約定的「小軟之歌」，誠摯的歌聲最終跨越了閃焰團的意志控制，成功觸動了核心的心靈，讓小軟恢復理智並解除了與細胞的結合。與此同時，另一隻在市中心橫行的基格爾德也因系統受干擾而恢復原狀。
道館奪還：希特洛伊特的壯烈犧牲
希特隆與希特洛伊特成功入侵被庫瑟洛斯奇佔據的米亞雷道館控制室。為了徹底關閉控制基格爾德的控制系統，希特洛伊特決定與主系統同步，透過超載運算來執行強制銷毀。然而這意味著希特洛伊特的記憶體也將全數被抹除。希特隆雖然痛苦掙扎，但在希特洛伊特的鼓勵下，最終流淚執行指令。系統徹底癱瘓後，希特洛伊特在希特隆的懷中失去了所有記憶，完成了守護道館與世界的任務。
局勢逆轉：弗拉達利的最後掙扎
隨著兩隻基格爾德都脫離紅光控制，閃焰團的邪惡計畫看似宣告崩潰。小智宣告弗拉達利的落敗，但弗拉達利卻在此時露出了詭異的冷笑，即便基地與系統被毀，他依然對理想世界的追求充滿偏執。此時，隱藏在背後的傳說「巨石」開始產生異變，卡洛斯地區的危機似乎還未真正終結。