密阿雷市的動盪與混亂
在卡洛斯聯盟密阿雷大會的決賽落下帷幕後，正當大家還沉浸在艾嵐奪冠的餘韻中時，異常事態突然發生。巨大的紅色植物藤蔓毫無預警地破土而出，迅速蔓延並破壞整個密阿雷市。小智與艾嵐在混亂中會合，小智告知艾嵐關於瑪農也在現場的消息。此時，莎莉娜、希特隆與柚麗嘉趕到，柚麗嘉焦急地表示「小軟」獨自跑掉了。與此同時，幻彩電塔被發光的植物覆蓋，傳說中的寶可夢基格爾德（50%形態）出現在塔頂，發出令人震懾的咆哮。
小智被俘與艾嵐的真相
在尋找瑪農的過程中，小智與艾嵐遭遇了閃焰隊科學家柯蕾阿。令小智震驚的是，艾嵐竟然與閃焰隊有聯繫。柯蕾阿表示奉弗拉達利之命要帶走小智，小智在戰鬥中不慎被大葉蟻蠍的奇異之光擊中陷入昏迷。最終，小智、皮卡丘以及他的寶可夢們被閃焰隊俘虜並帶往幻彩電塔。艾嵐跟隨閃焰隊來到塔頂見到弗拉達利，卻驚覺自己辛苦收集的超進化能量，竟是被用來啟動控制基格爾德的系統，這讓他陷入了深深的自我懷疑與震驚。
弗拉達利的毀滅宣言
弗拉達利透過電視轉播向全世界發表宣言。他聲稱目前的秩序已經混亂，人類因為愚昧而互相爭奪有限的資源，因此他決定利用基格爾德的力量重塑世界，透過減少生命數量來建立一個他眼中「美麗」的世界。與此同時，布拉塔諾博士救下了被閃焰隊包圍的瑪農，眾人決定前往幻彩電塔救援。希特隆也與他的希特隆機器人會合，誓言要奪回被閃焰隊佔據的密阿雷道館。
雙重基格爾德的對峙
在幻彩電塔塔頂，小智被特殊的能量裝置束縛，弗拉達利對小智展現出的特質表示高度興趣，稱其為「被選中的人類」。另一方面，為了拯救同伴，小軟展現出真正的姿態，先是以10%形態穿梭於城市，最後在電塔前變身為基格爾德50%形態，試圖對抗塔頂那隻被閃焰隊控制、散發紅光的基格爾德。柚麗嘉、希特隆、莎莉娜以及火雞假面趕到電塔下方，卻遭到閃焰隊幹部阿奇碧與芭菈的阻攔。兩隻基格爾德的激戰一觸即發，卡洛斯地方的命運命懸一線。