決賽前夕的整備與相聚
在卡洛斯聯盟準決賽中，小智成功擊敗了翔太，晉級最終決賽，他的對手將是實力強大的艾嵐。在決賽前一天的休息日，利莫內與希特隆機器人帶著著名的密阿雷格雷派餅來到選手村探望小智一行人。正當大家與寶可夢們愉快地享用點心時，希特隆的哈力栗與莎莉娜的頑皮熊貓又因為爭執而跑遠，不慎在街道上走散。
與瑪農的邂逅與小哈的狀況
哈力栗在迷路途中偶遇了一位名叫瑪農的少女。瑪農表現出對哈力栗的極大好感，並透露她的搭檔也是一隻哈力栗，綽號叫「小哈」。小智一行人在尋找哈力栗時與瑪農會合，卻得知小哈因為某種原因正陷入沉睡不醒的狀態，目前正在閃焰隊的弗拉達利實驗室接受治療。布拉塔諾博士隨後現身，向小智介紹了瑪農與艾嵐之間的深厚聯繫。
牽絆現象的真相與艾嵐的目標
布拉塔諾博士向小智解釋了關於甲賀忍蛙「牽絆現象」的最新研究發現。根據古老文獻記載，當訓練家與寶可夢之間的信賴關係達到巔峰，且寶可夢具備特定的潛在能力時，便會發生這種極為罕見的變型。與此同時，艾嵐在帕琦拉的注視下默默修行，他參賽的目的並非為了「最強」之名，而是希望能透過收集超級進化的能量來拯救瑪農的小哈，並渴望在決賽中與小智進行一場毫無保留的對決。
閃焰隊的陰影與決賽開幕
在密阿雷市的陰影下，弗拉達利與其部下克洛希修正密謀著龐大的計畫，他們已經控制了密阿雷塔（密阿雷道館）並在佈署神秘能量。弗拉達利主動接觸小智，表達了對牽絆現象的興趣，並約定賽後詳談。深夜，小智與艾嵐各自對著月亮立下必勝的誓言。隔日，在全場觀眾的熱烈歡呼聲中，卡洛斯聯盟決賽正式開幕，小智與艾嵐雙方在對戰場地上對峙，巔峰對決一觸即發。