意外的相遇：異色小木靈出現
在前往映雪市的旅途中，小智一行人在山腳下特訓時，一隻寶可夢突然從天而降。眾人發現這是一隻極其稀有的「異色」小木靈，其身體顏色與圖鑑記載的完全不同。起初，這隻小木靈因為恐懼而對小智等人發動了「森林之咒」，但在莎莉娜拿出馬芬點心友善款待後，小木靈逐漸放下了戒心，並與皮卡丘、柚麗嘉及小軟玩在一起。為了幫助這隻疑似迷路的小木靈回到同伴身邊，小智決定前往山頂傳說中有一棵大樹與祠堂的居住地。
森林之外的冒險：跨越恐懼與結交新友
在登山的過程中，小智與柚麗嘉不斷鼓勵膽小的小木靈接觸外面的世界。他們在途中遇到了地鼠、三地鼠、傘電蜥以及大牙狸等寶可夢。雖然小木靈一開始感到驚慌，但在眾人的引導下，它體會到外面的世界也有許多溫柔且有趣的寶可夢。這段旅程讓小木靈不僅體驗到了友誼的溫暖，也漸漸變得大膽起來，學會了如何與不同種類的寶可夢相處。
火箭隊的詭計：變裝與演技大作戰
與此同時，先前因偷吃小木靈供奉祭品而遭到懲罰的火箭隊，正密謀奪取皮卡丘並除掉礙事的小木靈。武藏發揮其自豪的演技，指揮隊員變裝成拉魯拉絲、奇魯莉安、沙奈朵與艾路雷朵一家，試圖誘騙小木靈離開。接著，他們又變裝成偽裝的小木靈，成功引開了小智等人的注意力，並利用特殊的絕緣捕捉裝置將皮卡丘與異色小木靈一併擄走。然而，小木靈在被抓走途中，不經意落下的馬卡龍成為了小智一行人追蹤的線索。
同伴的集結與森林的守護
當小智一行人趕到現場時，異色小木靈真正的同伴們也為了尋找失蹤的朋友而集結現身。在雙方對峙中，火箭隊的卑劣行徑徹底激怒了森林的守護者們。小智成功救出皮卡丘，並與小木靈群合力戰鬥。異色小木靈展現出在旅程中獲得的勇氣，與同伴聯手施展招式擊飛了火箭隊。最後，這隻稀有的異色小木靈平安回到了山頂的家，並向小智等人與森林裡的其他寶可夢道別，帶著在外界結交的新友誼，重返安穩的森林生活。