希特隆的科學假說與對戰脈衝測定器
為了獲得第八個道館徽章，小智一行人正前往映雪市，並在途中的寶可夢中心稍作休息。希特隆針對小智與甲賀忍蛙發生的神祕變化現象提出了假說，他認為這與兩人的心理狀態高度同步有關，並聯想到百刻道館館主葛吉花的預言。為了證實假說，希特隆展示了新發明的「希特洛伊特迷你」以及能記錄大腦皮質與心率數據的「對戰脈衝測定器」，透過實戰觀測兩人何時會產生同步。
艾嵐的現身與音波龍的熱情對戰
在小智與希特隆的倫琴貓對戰進行到一半時，艾嵐偶然出現在寶可夢中心。由於甲賀忍蛙在剛才的對戰中尚未產生變化，小智邀請艾嵐再次對戰，希望能藉此找出觸發力量的關鍵。在甲賀忍蛙恢復體力的空檔，小智先派出音波龍與艾嵐的金屬怪對打。儘管屬性上處於劣勢，音波龍仍憑藉高超的飛行能力與爆音波頑強抵抗，雖最終因金屬怪強大的彗星拳而戰敗，但其奮戰精神得到了艾嵐與小智的一致認可。
同步現象的重現與小智的體力極限
接著，眾所期待的小智與艾嵐的再次對決正式展開。艾嵐為了回應小智的期待，直接讓噴火龍進行超進化成為超級噴火龍X。對戰中，當雙方的攻防激烈化到頂點時，測定器顯示小智與甲賀忍蛙的對戰脈衝完全重疊，甲賀忍蛙再次改變型態（小智版甲賀忍蛙）。這股力量讓甲賀忍蛙在速度與威力上大幅提升，甚至一度壓制噴火龍。然而，就在戰鬥最激烈時，小智卻因身體無法負荷與甲賀忍蛙共感的巨大疲勞而突然昏倒，對戰被迫中斷。
邁向高峰的決心與特訓開始
小智醒來後，艾嵐提醒這種力量對訓練家來說是沉重的負擔，且這種異常的力量目前仍充滿謎團。艾嵐在離開前收到了法蘭德利傳來的短片，看到瑪農與受傷的哈力栗（哈力）正在努力，讓他守護重要事物的決心更加堅定。小智則反省自己過往過於依賴寶可夢，決定也要讓自己變強，以承擔與甲賀忍蛙同步帶來的負荷。為了實現葛吉花預言中那「無人能及的高峰」，小智帶著皮卡丘與甲賀忍蛙展開馬拉松特訓，向著映雪道館的挑戰繼續邁進。