小軟的感應與賈考魯鎮的怪盜
在前往映雪道館的旅途中，小智一行人抵達了賈考魯鎮。與此同時，閃焰隊正對基格爾德核心（Z2）進行實驗，這讓同為核心的小軟（Z1）感應到了同伴的痛苦而顯得焦慮不安。小智等人原本想參觀鎮上的寶石展覽，卻發現展覽因發生了自稱「怪盜納克羅」的闖入事件而暫時關閉。奇怪的是，這位怪盜雖然打開了保險箱的鎖，卻沒有偷走任何寶石。
落單的龜腳腳與鎖匠大師
在旅館中，一隻落單的龜腳腳（右腳）突然黏上了柚麗嘉。隨後，眾人遇到了君莎小姐與知名的鎖匠大師艾德。艾德發現怪盜納克羅所破解的鎖全都是出自他之手。艾德透露，這隻龜腳腳（右腳）是為了尋找他失蹤的學徒拳司以及另一半的龜腳腳（左腳）。原來拳司因不滿艾德嚴厲的教導，在不久前帶著龜腳腳（左腳）憤而離開了師門。
火箭隊的誘拐與倉庫火警
火箭隊企圖招攬怪盜納克羅協助犯罪，他們找到了拳司並強迫他協助偷竊神奇寶貝中心的倉庫。拳司雖然就是怪盜納克羅，但他本質並不壞，拒絕協助偷竊並試圖反抗。在混亂中，火箭隊的攻擊引發了爆炸導致倉庫發生大火，許多受傷的神奇寶貝與拳司都被困在充滿濃煙的倉庫內部，且倉庫的大門鎖因高溫變形而無法打開。
師徒齊心聯手與羈絆的傳承
小智與甲賀忍蛙試圖用水噴射壓制火勢，而龜腳腳（右腳）則趕去帶領艾德來到現場。在危急時刻，艾德隔著大門指導門內的拳司，師徒兩人分別從內外兩側配合，以精湛的技術同時操作複雜的五層旋轉板鎖。拳司在絕望中向師父坦白自己就是怪盜納克羅，目的是為了展現技術以獲得師父的認可。艾德則溫情回應他早已知情，並肯定拳司已經是名出色的鎖匠。最終，師徒聯手打開了大門，成功救出所有神奇寶貝。
悔過與新的開始
火災平息後，拳司對自己的行為深感後悔。雖然他必須前往警署接受調查，但艾德大師承諾會一直開著門等待他歸來。君莎小姐也表示，由於拳司並未實際偷竊且有救助神奇寶貝的立功表現，將會從輕處理。經歷了這次事件，小智一行人深刻體會到人與神奇寶貝之間、以及師徒之間那份無可取代的信任與羈絆。