小軟的歌聲與火箭隊的新任務
在前往卡洛斯地區第八個體育館所在地——映雪市的旅途中，小智一行人正在休息。柚麗嘉為了她細心照顧的「小軟」（基格爾德·核心）創作了一首溫柔的歌曲，並承諾會永遠陪伴在牠身邊。與此同時，火箭隊三人組透過通訊與領袖坂木取得聯繫，報告了卡洛斯地區存在著一個身穿紅色服裝、戴著護目鏡的神祕組織「閃焰隊」。坂木下令要他們查清閃焰隊的目的，並要求他們搶先奪取閃焰隊正在覬覦的神祕新種寶可夢。
Z2的危機與覺醒
在另一處荒野，閃焰隊的幹部茉蜜姬與阿可碧正率領隊員追捕代號為「Z2」的另一個基格爾德·核心。庫瑟洛斯奇博士利用先前收集的超進化能量開發出特殊射線，成功抑制了Z2的隱身能力。在被瑪狃拉與赤面龍逼入絕境時，Z2感應並吸收了分散在各地的「基格爾德·細胞」，變身為強大的「基格爾德·10%形態」，以壓倒性的力量與「龍之波動」重創閃焰隊的部隊。
三方勢力的混戰
一直跟蹤閃焰隊的火箭隊三人組此時現身，企圖漁翁得利捕捉Z2。武藏、小次郎與果然翁展示了驚人的韌性，利用南瓜精、好喇叭與果然翁的「返還」能力，一度讓閃焰隊陷入苦戰。然而，閃焰隊憑藉著優勢的兵力與科技設備再度奪回主導權。就在Z2展現強大力量讓眾人難以招架時，受弗拉達利之命前來支援的艾嵐抵達戰場。
噴火龍的強襲與捕獲成功
艾嵐派出噴火龍並發動超進化，進化成「超級噴火龍X」與Z2展開激烈對決。儘管Z2的力量強大，但在超級噴火龍X的強攻以及閃焰隊捕獲裝置的雙重打擊下，體力耗盡的Z2最終被迫變回核心形態，並被閃焰隊成功捕獲。火箭隊雖然拼命阻撓，但最終仍被擊飛。艾嵐在確認任務達成後，與閃焰隊幹部短暫交談便離去，隨後向弗拉達利報告任務完成。
不安的預感與命運的轉折
隨著Z2落入閃焰隊手中，原本與小智一行人同行的小軟感應到了同伴的痛苦，顯得神情落寞、焦慮不安。柚麗嘉察覺到小軟的異狀，體貼地將牠抱在懷中安慰。旁白最後提示，閃焰隊正一步步執行他們的計畫，卡洛斯地區的命運之輪已經開始朝向毀滅的方向轉動，弗拉達利也野心勃勃地宣告基格爾德已成為他的囊中之物。