尋找消失的小軟與希特隆的科學發明
故事開始於小智一行人在森林中焦急地尋找失蹤的小軟（Z1）。柚麗嘉因為沒能遵守守護小軟的約定而感到萬分沮喪，甚至想在深夜冒險外出尋找，但被哥哥希特隆及時制止並安慰。隔日，為了幫妹妹找回夥伴，希特隆展示了他的新發明「絕對能找到小軟1號」，這台機器能自動搜尋小軟喜愛的日照充足處。然而，機器卻不慎激怒了棲息在當地的毒骷蛙群，引發了一場混亂。在戰鬥中，希特隆的掘掘兔為了保護柚麗嘉，不慎受傷導致行動不便。
核心間的對話與人類的觀察
在暗處，小軟（Z1）正透過波長與另一個核心Z2進行感應溝通。Z2對人類極度不信任，認為人類是擾亂卡洛斯秩序的破壞者，主張應徹底遠離。但小軟在經歷與柚麗嘉相處的時光後，對人類產生了好奇，表示想要繼續觀察人類。這段對話揭示了核心們對於人類截然不同的態度。與此同時，閃焰隊也正利用探測器持續追蹤著小軟與小智一行人的蹤跡。
柚麗嘉的贖罪與採藥冒險
受傷的掘掘兔被送往寶可夢中心，但喬伊小姐表示治療所需的藥草「木豆摩」已經用完，必須前往後山頂部採集。內疚的柚麗嘉認為掘掘兔受傷是自己的責任，於是獨自帶著咚咚鼠偷偷前往後山採藥。採藥途中，柚麗嘉遭遇了凶猛的蜈蚣王襲擊，所幸小智與莎莉娜及時趕到。小智與莎莉娜留下來應付隨後出現意圖搶奪皮卡丘的火箭隊，而希特隆則趕往支援柚麗嘉，協助她完成採藥任務。
羈絆的展現與小軟的歸隊
在希特隆的陪伴與鼓勵下，咚咚鼠發揮勇氣爬上懸崖成功摘得藥草。這一切努力都被躲在暗處的小軟看在眼裡，對於人類與寶可夢之間深厚的羈絆感到觸動。回到中心後，掘掘兔在藥草的治療下恢復了健康。正當大家打算再次出發尋找小軟時，小軟主動出現在眾人面前，回到了柚麗嘉的身邊。柚麗嘉與小軟再次約定絕不分開，這場失蹤風波最終在溫馨的氣氛中落幕，小軟也正式決定繼續與小智一行人共同旅行。