忍者村的危機與影友的野心
接續前情，神祕的忍者軍團襲擊了忍者村並擄走了頭領漢佐。小智、三平與才藏等人在追擊過程中，再次遭到影友的部下兵大夫及其強大寶可夢劈斬司令的阻攔。在戰鬥中，才藏揭露了敵方首領影友的過去：影友曾是村子裡最優秀的忍者，也是原定的下任頭領繼承人，但他因渴望利用忍者的力量支配世界，違背了忍者村「為世人奉獻」的教義，最終被逐出村落。影友此次回歸，企圖強迫漢佐在祭典上宣布將頭領之位禪讓給他。
救援行動與呱頭蛙的進化
根據村人的偵查，小智一行人得知漢佐被囚禁在飛鳥山的頂端。為了營救頭領，眾人分頭行動，希特隆、莎莉娜與忍者村的村民負責牽制大量的雜兵，而小智與三平則負責對抗兵大夫。在與劈斬司令的苦戰中，皮卡丘與三平的甲賀忍蛙陷入危機。就在這關鍵時刻，小智的呱頭蛙為了保護同伴，在強烈的鬥志下進化成了甲賀忍蛙。進化後的甲賀忍蛙展現了驚人的實力，甚至在戰鬥瞬間產生了外貌上的神祕變化（小智版甲賀忍蛙的前兆），成功擊退了兵大夫的劈斬司令。
頭領之位的決鬥：一平對影友
在山頂，三平的大哥一平終於與影友展開了決定村子未來的宿命對決。影友派出了實力強勁的瑪狃拉，與一平的甲賀忍蛙展開高水準的忍術大戰。雖然瑪狃拉在速度與威力上佔有優勢，但一平憑藉著與甲賀忍蛙深厚的羈絆與守護村子的信念，利用「影分身」與「水之手裏劍」逆轉局勢，最終擊潰了影友的野心。漢佐在旁觀戰後指出，一平具備影友所欠缺的「獻身精神」，這正是成為頭領最重要的特質。
傳說的英雄與全新的啟程
動亂平息後，漢佐正式將頭領的象徵傳給了一平，忍者村迎來了新的時代。影友在戰敗後反思了自己的錯誤，決定與兵大夫一同離開村子，踏上觀察世界並重新修行的旅程。才藏在事後提到，小智那隻產生神祕變化的甲賀忍蛙，或許與村子古代傳說中守護和平的「英雄」有關。最後，小智一行人告別了三平與忍者村，繼續朝著下一個道館賽目標前進。