重逢與忍者村的邀約
正在為挑戰第八個道館而持續旅行的小智一行人，在一次午餐休息時，意外與好久不見的朋友三平及其搭檔甲賀忍蛙重逢。三平察覺到小智的呱頭蛙實力大幅提升，並邀請眾人前往他的故鄉「忍者村」參加即將舉行的村祭。在三平的帶領下，一行人穿過隱密的山洞，來到了這座充滿神秘氣息的忍者村落。
忍者村的實力者與英雄傳說
抵達村莊後，三平向大家介紹了他的兩位哥哥——長兄一平與次兄二平。一平被譽為村中實力最強的忍者，並預計在祭典後繼任為新任頭領。隨後，眾人晉見了現任頭領半藏以及他的助手阿忍（雖然外表年輕，實際年齡卻已100歲）。在村中祭祀英雄的小堂裡，小智等人得知了村子的歷史：古時曾有一位被稱為「英雄」的甲賀忍蛙帶領寶可夢守護村子免於戰火。奇妙的是，這尊英雄雕像的外貌與一般的甲賀忍蛙有些許差異。
修行成果的對戰與破綻
為了檢驗修行成果，三平與二平展開了一場精彩的寶可夢對戰。三平的甲賀忍蛙展現了極高的速度，但二平的妙蛙花憑藉著沉穩的經驗與精準的防禦，在承受攻擊的同時尋找破綻，最終以「植物武器」反擊並擊敗了甲賀忍蛙。頭領半藏勉勵三平雖然有所成長，但戰鬥中仍存在空隙。與此同時，火箭隊也潛伏在村莊周圍，企圖趁亂捕捉強大的忍者寶可夢。
神秘軍團襲擊與頭領被擄
正當村子沉浸在祭典前的忙碌氣氛時，由影友率領的神秘忍者軍團突然發動襲擊。他們指揮大量的盔甲鳥在空中狂轟濫炸，造成村內一片混亂。影友的部下兵太夫趁隙使用劈斬司令擊退阻攔的忍者，並擄走了頭領半藏。小智與三平見狀立即追趕，卻被影友的軍團擋住去路。面對這場突如其來的危機，忍者村的命運懸於一線，故事也將在下一集進入決戰。