謎之生物與閃焰隊的威脅
故事開端，閃焰隊正在追捕傳說中的寶可夢基格爾德（核心Ｚ２），雖然在茉蜜姬的指揮下動用了黑魯加進行包圍，但Ｚ２最終仍憑藉強大的力量成功逃脫。閃焰隊代表弗拉達利下令必須找回Ｚ，為了實現組織改變世界的目標。與此同時，正朝著最後一個道館所在地映雪市旅行的小智、莎莉娜、希特隆與柚莉嘉，在森林休息時，柚莉嘉意外在包包裡發現了一隻綠色的神祕生物。由於這隻生物觸感軟綿綿的，柚莉嘉將牠取名為「小軟」。
新夥伴「小軟」與翔太的重逢
小智與莎莉娜試圖使用最新型的寶可夢圖鑑掃描小軟，卻顯示「查無數據」，讓眾人推測這可能是新種寶可夢。隨後，小智一行人偶遇了正在追捕森林蜥蜴的翔太，雙方再次重逢。就在眾人交流近況時，閃焰隊的科學家柯蕾阿率領部下突襲，宣稱小軟（核心Ｚ１）是屬於他們的實驗品。小智與翔太挺身而出，利用皮卡丘、森林蜥蜴與嗡蝠與對方的辛烈蠍及部下的寶可夢展開激戰，成功暫時擊退敵方並保護了小軟。
關於Ｚ的真相與終結之洞窟
在閃焰隊基地，庫瑟洛斯奇向組織成員解釋Ｚ的真相：這種生物存在「核心」與「細胞」兩種形態，目前確認的核心共有Ｚ１與Ｚ２兩體。由於柯蕾阿與茉蜜姬任務失敗，弗拉達利加派了阿各碧與芭菈參與搜索。另一邊，翔太提到在映雪市途中有一處「終結之洞窟」，小軟在看到該地的照片後表現出強烈的反應，小智一行人遂決定帶小軟前往該處一探究竟。
小軟的驚人力量與未來的危機
入夜後，閃焰隊的柯蕾阿與芭菈再度發動夜襲。在混亂的戰鬥中，柚莉嘉與小軟與眾人失散，並被閃焰隊逼至絕境。眼看柚莉嘉即將受傷，小軟感應到危險，竟吸收了周圍大量的細胞，變換成如獵犬般的「基格爾德·１０％形態」，以壓倒性的力量瞬間擊潰閃焰隊的寶可夢。戰鬥結束後，小軟恢復原狀回到柚莉嘉身邊，而閃焰隊則意識到Ｚ擁有的未知力量，決定重新制定計畫。火箭隊也在暗中監視這一切，意圖染指這個大事件。故事最後提到百刻道館館主葛吉花的預言：卡洛斯地區即將迎來巨大的綠色危機，而小智一行人已在不知不覺中捲入了這場風暴。