火箭隊的陰謀與花潔夫人的真相
故事延續小智一行人回到黏美龍故鄉「濕地帶」後的風波。在夜晚的混亂中，皮卡丘、咚咚鼠和烏波被神祕黑影擄走。希特隆透過影像分析發現，這一切的幕後黑手正是火箭隊。原來，火箭隊利用了花潔夫人急於救治生病花葉蒂的心情，唆使牠佔領泉水並驅逐黏美龍。小智與受傷的黏美龍不顧傷勢前往泉水源頭，在那裡見到了憔悴的花葉蒂，並發現火箭隊正利用巨大機甲抽乾濕地帶所有的泉水，企圖將能療癒身心的泉水高價販售，甚至連花潔夫人也被火箭隊背叛並被當作阻擋小智的擋箭牌。
攜手對決與濕地帶的重生
面對火箭隊的惡劣行徑，黏美龍展現出強大的鬥志與包容心，牠與花潔夫人冰釋前嫌，為了保護故鄉與被抓走的同伴聯手作戰。雖然黏美龍一度因舊傷陷入苦戰，但在小智的指揮與濕地帶其他野生寶可夢如メガヤンマ（梅卡陽瑪）等同伴的支援下，眾人合力擊碎了機甲，將火箭隊徹底打飛，成功救回皮卡丘等寶可夢。雖然泉水被抽乾導致濕地帶變得乾涸枯萎，但黏美龍使出「祈雨」召喚甘霖，加上花潔夫人的「青草場地」力量，使溼地帶重新恢復往日的生機，花葉蒂也在雨水中重獲健康。
為了守護同伴的淚之離別
看著黏美龍與故鄉同伴們歡笑共處、互相扶持的模樣，小智雖然深感不捨，但明白黏美龍已經變得足夠強大，能代替自己守護這片故土。為了讓黏美龍實現守護同伴的願望，小智主動提出讓黏美龍留在濕地帶生活。在一片感傷的氣氛中，小智與黏美龍進行了最後的擁抱，並承諾即使相隔兩地，他們永遠都是最親密的夥伴。最終，小智一行人帶著黏美龍的意志繼續踏上旅程，而黏美龍則留在了故鄉，成為了守護濕地帶和平的強大首領。