邪惡陰謀再次襲來
小智、莎莉娜、希特隆與尤莉嘉在前往海翼市的旅途中，來到了被稱為「格雷斯塔」的岩山腳下。在那裡，他們遇到了一群野生的烏賊王與豪喇花枝。看到烏賊王，眾人不禁想起先前在電波觀測站被邪惡烏賊王催眠操控的可怕經歷，氣氛一度變得緊張。然而，這群野生的烏賊王正與花蓓蓓、大牙狸等寶可夢和平共處，顯示出牠們溫順友善的一面。
與火箭隊的休戰合作
與此同時，火箭隊的小次郎、武藏與喵喵也來到了這座山，並驚見了當初那三隻企圖征服世界的邪惡烏賊王。火箭隊在逃跑過程中與小智一行人相撞，隨後君莎小姐出現並引導眾人避難。君莎小姐解釋她一直在秘密調查這群邪惡烏賊王，牠們利用高度智慧操控了カロス地方的科學家，在格雷斯塔山頂建立了與觀測站相同的系統，企圖啟動「最終計劃」來徹底改造世界環境，讓世界走向終結。
豪喇花枝的救援行動
邪惡烏賊王隨後現身並發動攻擊，小智、莎莉娜、尤莉嘉以及武藏、果然翁不幸被強大的超能力捕獲。希特隆、小次郎與喵喵則在豪喇花枝與掘掘兔的掩護下成功逃脫。小次郎原本誤以為自己的豪喇花枝是因為想背叛才異常興奮，後來才透過喵喵翻譯得知，豪喇花枝是因為無法容忍邪惡烏賊王操控同伴的惡行而感到憤怒。在豪喇花枝的帶領下，小次郎等人說服了森林裡的野生烏賊王族群加入戰局，共同對抗邪惡勢力。
超越催眠的深刻羈絆
眾人趕回山頂時，邪惡計畫已進入倒數計時。邪惡烏賊王企圖催眠小次郎的豪喇花枝，想讓牠反過來攻擊同伴。關鍵時刻，小次郎拿出了當初與豪喇花枝相遇時餵食的可頌麵包，用真誠的呼喚喚回了豪喇花枝的意識。在小次郎與豪喇花枝深厚羈絆的帶領下，配合皮卡丘與君莎小姐的雷電獸發動強力攻擊，終於成功破壞了最終計畫的系統裝置。
未完的威脅與永恆的夥伴
雖然計畫被挫敗，但邪惡烏賊王並未投降，牠們宣稱將前往未來並在某日捲土重來，隨後啟動能量球消失在天際。事件結束後，小次郎體貼地認為豪喇花枝留在這片森林與同伴一起生活會更幸福，決定忍痛放手。然而，豪喇花枝堅決地拒絕了離開，並表達出想要與小次郎以及火箭隊繼續旅行的強烈願望。這份深情的夥伴情誼感動了所有人，火箭隊與小智一行人再次分別，各自踏向新的旅程。