抵達娑羅市與節奏戰術的特訓
小智一行人終於抵達了娑羅市，準備挑戰道館館主可爾妮以獲取第三個徽章。雖然小智鬥志昂揚，但夥伴們擔心他從瑅耶魯諾那裡學到的「節奏戰術」尚未完成。在前往道館所在的「精通塔」前，他們遇見了可爾妮。由於通往島嶼的小徑需等待潮汐退去才會顯現，小智決定利用這段時間進行特訓。希特隆拿出了新發明「自動舞蹈機器」試圖幫助小智，卻一如往常地爆炸收場；莎莉娜也親自下場教導小智舞蹈，但小智依然難以掌握節奏。最終，小智決定不拘泥於形式，以自己最擅長的正面硬碰硬風格迎接挑戰。
海中顯現的道路與超級進化的起源
隨著潮汐變化，海面上出現了一條通往精通塔的道路。小智一行人進入塔內後，見到了可爾妮的爺爺——超級進化承繼者可可布爾。可可布爾向大家介紹了精通塔的壯觀石像，並講述了一段珍貴的歷史：他的祖先曾帶著盧卡利奧來到這座島上，意外發現了兩顆奇異的石頭，那便是歷史上第一次超級進化的開端。從此，這座島便成了超級進化的聖地，由可可布爾的一族世世代代守護著。此外，可可布爾還提到家中藏有一本記載著館主極意的「秘傳書」，這引起了暗中監視的火箭隊的注意。
奪回秘傳書與娑羅道館賽開幕
深夜，火箭隊潛入塔內成功偷走了秘傳書，小智與可爾妮發現後隨即展開追擊。面對火箭隊的阻攔，可爾妮展現了修行的成果，讓盧卡利奧進行超級進化。超級盧卡利奧以壓倒性的力量使用骨棒亂打擊飛了火箭隊，成功奪回秘傳書。事後，可可布爾特許大家閱讀這本神祕的秘傳書，沒想到內容竟然只是「早睡早起」、「勤洗手」、「吃飯八分滿」等基本的生活守則，讓原本期待萬分的眾人哭笑不得。隔日，在精通塔頂層的娑羅道館，小智與可爾妮的正式對戰終於展開，這場關乎第三枚徽章、由皮卡丘對抗超級盧卡利奧的激烈激戰拉開了序幕。