特訓與新招式的覺醒
為了準備與娑羅道館館主可爾妮的對戰，小智在前往娑羅市的途中與夥伴們進行特訓。在練習過程中，呱呱泡蛙為了保護陷入危機的皮卡丘，意外激發了潛能，學會了新招式「居合斬」。希特隆觀察到這一幕，提議進行一場雙打對戰，認為這能進一步挖掘寶可夢之間的協作能力與潛力。
風格迥異的搭檔衝突
小智派出戰鬥飛鳥與呱呱泡蛙組成搭檔，對抗希特隆的哈力栗與掘掘兔。然而，戰鬥飛鳥追求「華麗展現」的戰鬥風格，甚至不惜正面承受攻擊來展現氣勢，這與冷靜且講求效率、躲避攻擊的呱呱泡蛙格格不入。兩隻寶可夢在對戰中產生嚴重分歧，甚至開始互相爭吵，導致對戰被迫中斷。為了磨合這對搭檔，小智構思了一個合體招式，將戰鬥飛鳥的「飛身重壓」與呱呱泡蛙的「居合斬」結合，並命名為「超級飛身居合斬」，但初期的練習依然充滿阻礙，兩者的默契依舊不足。
神祕的朽木妖與森林危機
就在特訓陷入瓶頸時，森林中傳來巨大動靜。一隻神祕的朽木妖突然出現，利用樹木操縱能力將小智擄走。戰鬥飛鳥與呱呱泡蛙見狀立刻放下爭執，憑藉著皮卡丘對氣味的追蹤與自身的觀察力，深入森林腹地尋找小智。當牠們找到小智時，發現他被困在樹根中，而朽木妖正表現出強烈的敵意。在對峙過程中，小智察覺到朽木妖並非心懷惡意，而是為了保護同伴。
解除誤會與合體招式的實踐
真相大白，原來朽木妖是為了救助被人類陷阱困住的朋友——胡說樹與胡說盆栽，才將看起來強大的小智帶到此地。此時，火箭隊現身並承認陷阱是他們設置的，目的是捕捉稀有的寶可夢，並趁亂抓走了皮卡丘。面對共同的敵人，戰鬥飛鳥與呱呱泡蛙終於領悟了小智所說的「互相補足、展現強項」的意義。兩者在實戰中完美配合，成功施展出威力驚人的「超級飛身居合斬」，配合朽木妖的「木槌」，徹底擊敗了火箭隊並救回皮卡丘。
邁向勝利的標誌
戰鬥結束後，戰鬥飛鳥與呱呱泡蛙建立了深厚的友誼與默契，胡說樹、胡說盆栽與朽木妖也重獲和平。小智與夥伴們告別了森林的寶可夢，帶著更加成熟的搭檔與新開發的合體招式，氣勢滿滿地繼續朝著娑羅市邁進，準備迎接即將到來的道館挑戰賽。