抵達石林鎮與尋找超級石的線索
小智一行人為了協助可爾妮尋找能讓路卡利歐超級進化的「路卡利歐進化石」，終於抵達了充滿奇石的石林鎮。可爾妮對於即將達成一百連勝後的超級進化充滿期待。然而，眾人在鎮上的商店四處打聽，雖然見到了許多像是太陽之石等進化之石，卻沒有任何店主聽說過路卡利歐進化石的下落。正當大家感到受挫時，一名經營照相館的攝影師牧田主動向他們搭話，並透露在山中深處的一個神祕洞窟內藏有特別的石頭，但他也警告若沒有資格的人進入，將會發生非常可怕的事情。
指引與進入神祕的考驗之洞
儘管聽到了恐怖的傳聞，意志堅定的可爾妮仍決定前往探險。一行人在山中搜尋時一度遇到死路，但路卡利歐憑藉著與超級石之間的感應，成功發現了隱藏在岩壁後的密門。此時，企圖搶奪超級石與皮卡丘的火箭隊三人組早已先一步潛入，卻在洞窟深處被強大的力量擊飛。當小智與可爾妮深入洞窟核心後，終於見到了閃耀著虹光的路卡利歐進化石，但一隻氣勢驚人的火焰雞隨即現身，阻擋在眾人面前。
最後的試煉：路卡利歐對抗火焰雞
可爾妮意識到這是獲得超級石必須跨越的最後試煉，她謝絕了小智的幫忙，決定與路卡利歐獨自面對挑戰。火焰雞展現出壓倒性的速度與屬性優勢，利用強力的火焰與格鬥招式讓路卡利歐陷入苦戰。面對強敵的猛攻，路卡利歐雖然傷痕累累，但在可爾妮的指揮與小智的聲援下始終沒有放棄。可爾妮與路卡利歐展現出深厚的羈絆，利用增強拳等招式與火焰雞展開激鬥，並在關鍵時刻抓住了反擊的機會。
真相大白與路卡利歐的超級進化
正當戰鬥進入高潮時，可爾妮的爺爺——被稱為「超級進化老爺爺」的可可布爾突然現身，宣布試煉結束。原來這隻火焰雞是他的寶可夢，而整個洞窟的傳聞與挑戰，都是為了測試可爾妮是否有能力保護並發揮超級石力量所設下的局。攝影師牧田也是受託協助這場考驗的友人。最終，可爾妮獲得了爺爺的認可，親手拿到了路卡利歐進化石。在眾人的祝福下，可爾妮將超級石鑲嵌在路卡利歐身上，並立刻嘗試進行超級進化，為接下來的冒險揭開新篇章。