神祕的威脅與受傷的喵喵
在前往遙香市的旅途中，小智、莎莉娜、希特隆與柚麗嘉在森林中意外遇見了滿身傷痕的喵喵。喵喵焦急地向眾人求助，並透露火箭隊的武藏與小次郎被一名自稱「瑪丹娜X」的神祕女子以及她的寶可夢「烏賊王」所操控。喵喵為了保持清醒，不惜用爪子抓傷自己以痛覺抵擋催眠。隨後，瑪丹娜X帶著被洗腦的武藏、小次郎與其寶可夢出現，並在眾人面前展現了烏賊王強大的催眠能力，將皮卡丘強行帶走。
希特隆的發明與電波觀測所的追擊
為了救回皮卡丘，希特隆拿出了他的科學發明「全自動皮卡丘追蹤機器」，眾人循著機器的引導來到了一座山上的電波觀測所。然而在搜查過程中，眾人遭到烏賊王的伏擊，莎莉娜、希特隆與柚麗嘉先後陷入催眠狀態並倒戈。最後，只剩下小智與喵喵兩人挺進觀測所的核心地帶，直面瑪丹娜X。
羈絆與催眠的抗爭
在觀測室內，被催眠的皮卡丘受命攻擊小智。小智不顧皮卡丘的強力電擊，堅持用言語呼喚皮卡丘，試圖喚醒牠的意識。就在皮卡丘因內心的羈絆與催眠術拉鋸而產生動搖時，希特隆那部失控的追蹤機器意外衝進現場並撞擊烏賊王，成功打斷了催眠術的連結，讓皮卡丘及所有受控制的人與寶可夢恢復正常。
瑪丹娜X的真面目與烏賊王的野望
隨著催眠解除，眾人驚訝地發現瑪丹娜X的真實身分竟然是失蹤的君莎小姐，她也是在調查事件時被操控的。最令人震撼的是，烏賊王透過喵喵的翻譯宣稱自己才是真正的策劃者，牠利用人類建造了某種「改變世界」的系統。在眾人圍攻之前，烏賊王引爆了設施並自行逃走，其留下的神祕計畫與邪惡的身影，為這場驚險的事件埋下了未完的伏筆。