古木鎮的鼾聲危機
小智、莎莉娜、希特隆與尤莉嘉在前往下一個道館所在地遙香市的途中，抵達了具有歷史氣息的古木鎮。然而，鎮上正籠罩在巨大的噪音之中，原來是一隻卡比獸在廣場中心沉睡，其鼾聲響落如雷，令鎮民苦不堪言。鎮民解釋，卡比獸每年都會下山幫忙翻耕田地，鎮上則會舉辦豐收祭典，由尚博諾城堡的領主吹奏「寶可夢之笛」來喚醒卡比獸並引導牠回山。但今年領主卻遲遲不願露面，導致卡比獸持續沉睡，鎮民們也因睡眠不足而疲憊不堪。
前往巴爾法姆宮殿
為了幫卡比獸解決困境，小智一行人前往尚博諾城堡拜訪領主。領主尚博諾大人無奈地坦承，並非他不願吹笛，而是傳家寶「寶可夢之笛」被鄰近巴爾法姆宮殿的艾莉公主看中並強行奪走了。小智等人隨即前往宮殿請求歸還。性格驕縱的艾莉公主不僅拒絕歸還笛子，還對小智的皮卡丘產生了濃厚興趣，要求小智以皮卡丘為賭注與她進行對戰，若小智獲勝才能拿回笛子。
賭上皮卡丘的對戰與希特隆的犧牲
對戰開始，小智派出皮卡丘對抗艾莉公主的多麗米亞。戰鬥中，皮卡丘的招式不小心弄亂了多麗米亞的造型，讓極度愛美的艾莉公主心疼不已，隨即單方面宣布棄權。雖然小智獲勝，艾莉公主卻再次耍賴，拒絕交出笛子。此時，希特隆挺身而出，嚴厲斥責公主的任性行為，強調友誼與誠信的重要性。沒想到，從未被責備過的艾莉公主反而因此對希特隆產生愛慕之情，提出要希特隆留下來當她的同伴，才肯歸還笛子。在別無選擇下，希特隆決定自我犧牲，讓小智等人帶著笛子先回鎮上救火。
祭典圓滿落幕與希特隆的脫逃
小智等人帶著笛子回到古木鎮後，火箭隊突然現身搶走了笛子，企圖利用笛聲控制卡比獸建立軍團。然而，武藏吹出的難聽噪音不但沒能控制卡比獸，反而將其激怒，憤怒的卡比獸直接將火箭隊擊飛。最後，尚博諾大人親自接手吹奏，優美的笛聲響徹廣場，卡比獸隨之起舞，並在吃飽後心滿意足地走回深山。任務完成後，眾人正擔心希特隆時，希特隆利用預先準備好的科學裝置（誘餌機器人）成功逃離公主的魔掌，與大家會合。在慶祝豐收的煙火中，小智一行人再次啟程，繼續他們的卡洛斯之旅。