與少年忍者三平的邂逅
正在前往遙香市途中進行特訓的小智與呱呱泡蛙，偶然遇見了一位身穿忍者服飾的少年三平及其搭檔呱頭蛙。三平展現出高超的忍術「木之葉隱身術」，令小智一行人大感驚訝。看到身為呱呱泡蛙進化形的呱頭蛙擁有極高的身手，小智隨即向三平提出對戰邀請。
慘敗與特訓的開始
在戰鬥中，三平的呱頭蛙展現出令人目不暇給的速度，並以強力的「電光一閃」擊敗了小智的呱呱泡蛙。戰後，三平指出小智對勝負判斷失誤，且呱呱泡蛙過於自負。為了變得更強，小智誠懇地請求三平傳授「電光一閃」的秘訣，三平答應後，眾人開始了一連串嚴苛的忍者修行。希特隆雖然拿出了「肌肉強化機器」想要幫忙，卻一如既往地以失敗收場。
忍者修行的三個階段
特訓內容包含增強肌肉爆發力的快速奔跑、鍛鍊足部高速旋轉的「水上漂」水面奔跑，以及在樹林間快速穿梭的「猿飛之術」。小智與呱呱泡蛙在修行過程中不斷跌倒與失敗，但在彼此的鼓勵下，呱呱泡蛙漸漸掌握了先讀對手動作與高速移動的要領。在休息期間，三平也分享了自己的目標是回到忍者村，成為超越兩位兄長的最強忍者。
火箭隊襲擊與新招式的覺醒
就在呱呱泡蛙進行最後的「電光一閃」練習時，火箭隊突然現身並利用陷阱抓住了呱頭蛙與皮卡丘。在混亂的戰鬥中，面對喵喵的「小判手裏劍」攻擊，呱呱泡蛙為了救回同伴，在極限狀態下竟然使出了比電光一閃更進階的招式——「影子分身」。藉由無數的分身迷惑對手，小智與三平聯手發動「水之波動」，成功擊退了火箭隊。
約定與再次出發
雖然原本的目標是學習「電光一閃」，但意外習得「影子分身」讓呱呱泡蛙的戰術變得更加豐富。三平對小智與呱呱泡蛙的進步表示認可，兩人約定未來再次見面時一定要再進行一場精彩的對戰。最後，小智一行人告別了三平，帶著修行的成果，繼續朝著下一個道館所在地遙香市前進。